北京治疗鼻窦炎比较好的医院是首都医科大学附属北京同仁医院、中国人民解放军总医院和北京协和医院，首都医科大学附属北京同仁医院耳鼻咽喉头颈外科是医院传统的重点学科，位列复旦大学医院管理研究所中国医院最佳专科声誉排行榜第二位，现为卫生部国家临床重点专科。中国人民解放军总医院耳鼻咽喉头颈外科位列复旦大学医院管理研究所中国医院最佳专科声誉排行榜第三。北京协和医院耳鼻咽喉科在全国范围内具有较高的学术影响力，整体水平位居全国一流水平。
第一名：首都医科大学附属北京同仁医院-耳鼻咽喉头颈外科
首都医科大学附属北京同仁医院耳鼻咽喉头颈外科是医院传统的重点学科，位列复旦大学医院管理研究所中国医院最佳专科声誉排行榜第二位。现为卫生部国家临床重点专科、教育部国家重点学科。下设的鼻科主要诊治鼻窦炎、过敏性鼻炎、鼻内翻性乳头状瘤等疾病的诊治。同时还开展了多项鼻内镜诊疗新技术，处于国内领先地位，并达到国际先进水平。
第二名：中国人民解放军总医院-耳鼻咽喉头颈外科
中国人民解放军总医院耳鼻咽喉头颈外科位列复旦大学医院管理研究所中国医院最佳专科声誉排行榜第三，先后被国家和军队评定为全军耳鼻咽喉专科中心、全军耳鼻咽喉研究所、全国首批国家重点学科、教育部国家重点学科。下设鼻科等9个亚专科，收治鼻息肉、鼻窦炎、鼻内镜微创手术、鼻中隔偏曲、过敏性鼻炎等患者。
第三名：北京协和医院-耳鼻喉科
北京协和医院耳鼻咽喉科为国家临床重点专科，已连续4年进入复旦大学医院管理研究所中国医院最佳专科声誉排行榜四强。鼻科学组在嗅觉基础与临床研究方面处于国内领先地位，积极开展了鼻内镜下微创手术和导航下疑难疾病的手术，对特殊鼻-鼻窦疾病及鼻颅沟通肿瘤的治疗积累了丰富经验，鼻科手术器械的研制获得了多项专利。
第四名：北京大学第一医院-耳鼻咽喉头颈外科
北京大学第一医院耳鼻喉科业务涵盖耳科学、鼻科学、咽喉科学、头颈肿瘤科学及听力学等专业学科，在全国范围内具有较高的学术影响力，整体水平位居全国一流水平。鼻科学组熟练掌握了耳鼻喉科的常见病、疑难病症的诊治，特别善于变应性鼻炎、鼻窦炎、鼻息肉、鼻腔肿瘤等疾病的治疗。
第五名：北京大学第三医院-耳鼻喉科
北京大学第三医院耳鼻咽喉科是卫生部“临床重点专科建设项目”。在全国耳鼻咽喉科学界具有非常重要的地位。科室连续多年在复旦版排名中名列前13-17位。国家数据中心基于病例首页数据排名位列全国第13名。中国医学科学院科研排名连续2年在国内名列第25位。下设的鼻科专业组是国内最早开展鼻窦内窥镜手术的单位之一，先后开展鼻窦内窥镜下息肉切除、鼻窦病变去除等鼻部手术。收治鼻息肉、鼻窦炎、中隔偏曲等患者。
第六名：北京大学人民医院-耳鼻喉科
北京大学人民医院耳鼻喉科下设鼻科专业组。该专业组目前能够开展包括侧颅底、前颅底手术，鼻眼相关手术等疑难复杂手术，于国内率先开展了鼻内窥镜手术技术，并一直居于国内领先水平。在诊治鼻窦炎、鼻息肉、各种鼻炎等方面积累了丰富的经验。
第七名：北京天坛医院-耳鼻喉科
北京天坛医院耳鼻喉科设有鼻内镜室、纤维喉镜室等，可以开展各种常规检查。除了诊治耳鼻咽喉科常见病、多发病（中耳炎、鼻窦炎、咽喉炎、耳聋）外，充分利用天坛医院神经科学优势，与神经外科、神经内科等学科开展广泛交流、合作，以眩晕、耳聋等多学科交界性疾病为突破点，打造天坛神经耳科学品牌。
第八名：首都医科大学宣武医院-耳鼻咽喉-头颈外科
首都医科大学宣武医院耳鼻咽喉头颈外科是以鼻科和颅底外科闻名，在国内具有较高影响力的学科。几乎各个区域的内镜颅底手术均由该学科在国内率先开展并报道，如内镜下鼻腔鼻窦良恶性肿瘤切除术等，部分为国际首次报道，整体技术水平受到美国及欧洲两家世界知名颅底外科中心的肯定。收治慢性鼻-鼻窦炎、鼻中隔偏曲等患者。
第九名：中日友好医院-耳鼻喉头颈外科
中日友好医院耳鼻喉头颈外科引进了先进的医疗设备，在国内较早开展了内镜经鼻颅底肿瘤切除术，并使改科室在鼻颅底外科领域步入国内先进水平。科室的诊疗特色为鼻窦炎颅内眼眶并发症、过敏性鼻炎、鼻窦炎、鼻息肉、鼻窦囊肿等疾病。