北京大学深圳医院擅长的科室有内分泌科、肾内科、泌尿外科、口腔科、重症医学科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、内分泌科
北京大学深圳医院内分泌科是省临床重点专科，拥有较强的临床、教学和科研能力。科室配备先进的动态血糖监测系统、胰岛素泉治疗设备等，擅长糖尿病患者强化管理、胰岛素泉治疗及动态血糖监测。近年来开展的糖尿病神经病变早期筛查和治疗、甲状腺细针穿刺细胞学检查、骨代谢疾病诊断和治疗随访评价、葡萄糖钳夹技术等项目取得了良好的效果。
2、肾内科
北京大学深圳医院肾内科是省临床重点专科。擅长急性和慢性肾小球肾炎、肾病综合征、急进性肾炎、狼疮性肾炎、过敏性紫癜性肾炎、系统性小血管炎、急性和慢性肾功能衰竭和泌尿道感染等。能独立进行肾活检及病理学检查，血液净化室技术力量雄厚，其血液透析设备透析病人质量管理均处全市领先水平，腹膜透析规模及腹透患者追踪管理水平位居全市前列。
3、泌尿外科
北京大学深圳医院泌尿外科，是教育部国家重点学科、广东省高等院校重点临床专科。在微创、肿瘤、结石、男科等方面处于华南地区先进水平，是华南地区泌尿外科疑难及危重疾病会诊中心之一。是目前华南地区开展泌尿外科腹腔镜手术及泌尿系肿瘤手术种类最齐全、病例数最多、疗效最好的单位之一。是目前华南地区治疗泌尿系统结石技术种类最齐全、病例数最多、疗效最好的单位之一。
4、口腔科
北京大学深圳医院口腔科，是集医、教、研一体的临床科室，是省高水平临床重点专科。能常规开展数字化种植、各类植骨术、上颌窦提升术及腓骨的重建颌骨后的牙种植等各项复杂的种植手术，进行各类牙列缺损，缺失的种植修复治疗。其对口腔癌的综合治疗，患者辐射至全国29个省、市自治区以及法国、美国、加拿大和东南亚各国。
5、重症医学科
北京大学深圳医院重症医学科是省临床重点专科，是北京大学肺血管病重症医学亚专业培训基地之一。已开展ECMO、Picco、无创血流动力学监测、重症超声、经皮微创气管切开、纤维支气管管镜、血液净化、俯卧位机械通气、镇静镇痛及ICU信息化等技术，年收治重症感染、ARDS、循环衰竭、肝肾功能衰竭、DIC、MODS、心肺脑复苏、产科重症及高危围手术期等危重患者超过1200例。
