上海市中医医院擅长的科室有儿科、脑病科、心病科、脾胃病科、骨伤科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、儿科
上海市中医医院儿科建于二十世纪50年初，是集医疗、教学、科研为一体，中优势和中医待色鲜明的学科，在全国中医科界处于领先地位，儿科承相卫生部国家临床重点专科、国家中医药营理局“十一五”“十二五”中医药重点学科、国家中医药营理局-五“十二五重点专科、上海市中临床优势专科（小儿哮喘），上海市中医特色专科（小儿厌食），海派中医流派（徐氏科、董氏儿科）传承总基地。
2、脑病科
上海市中医医院脑病科，卫生部国家临床重点专科，国家中管局“十二五”重点专科，上海市“十三五”临床重点专科，上海市中医帕金森病特色专科，上海市中医帕金森病联盟建设项目牵头单位，上海中医药大学优秀学科团队。在学术带头人李如奎老中医及刘毅、李文涛等主任带领下，历经数载发展，形成了集脑病研究所、老中医工作室、病房门诊、神经电生理室为一体的医教研全面发展的现代化中医脑病专科。
3、心病科
上海市中医医院心病科，是上海市中医优势专科，学科建立了以中、西医结合为基础、中医优势特色显著，集临床、科研、教学一体化的学科发展模式。专科在开展先进现代医疗技术的同时，传承中医经典及全国名中医严世芸教授学术思想及临床经验，继承了尚“和”的学术思想及“圆机活法”临床思维，发挥中医药治疗优势，针对疗效优势环节、阶段进行重点干预，形成了中西医结合优势病种特色诊疗方案。
4、脾胃病科
上海市中医医院脾胃病科成立于1997年，经过十余年的努力建设，目前已经形成脾胃病门诊、肝病门诊、病房、消化内窥镜室为一体的综合学科，拥有包括电子胃镜、肠镜、碳－14自动呼气检测仪、腹水浓缩回输治疗仪较先进诊疗仪器。脾胃病科作为上海中医药大学市中医医院中医特色示范病区和教学病区，临床突出中医特色、注重临床疗效，继承名老中医学术经验，积极发扬传统中医药综合治疗的优势。
5、骨伤科
上海市中医医院骨伤科始建于1956年，2004年成为上海市卫生局腰腿痛特色专科，2012年成为国家中医药管理局国家重点专科。骨伤科坚持中西医结合、西为中用和古为今用的治疗方针，创立以痹为纲的骨伤科疾病辨证理论，立足痹、痿、瘀一大中医病机，采用针灸、中药、手法，针刀等中医治疗手段，坚持中医综合治疗与现代康复相结合的理念，拓宽治疗思路，提高疾病疗效。
