长宁区三甲医院有武警上海总队医院、中国人民解放军海军特色医学中心、中国人民解放军海军第九〇五医院等多家，其中武警上海总队医院是中国人民解放军海军特色医学中心；中国人民解放军海军特色医学中心担负海军特殊职业病研究、预防、诊治；中国人民解放军海军第九〇五医院拥有先进的医疗设备，荣获海市文明卫生标兵单位、拥政爱民模范单位等称号。
第一名：武警上海总队医院
武警上海总队医院，是一所集医疗、教学、科研、中国人民解放军海军特色医学中心，主要担负海军特殊职业病研究、预防、诊治，应急支援保障，南山场站医院飞行员生理心理保障中心派驻保障，海军招收飞行学员医学选拔鉴定、舰载战斗机飞行员健康鉴定等任务。
第二名：中国人民解放军海军特色医学中心
中国人民解放军海军特色医学中心，主要担负海军特殊职业病研究、预防、诊治，应急支援保障，南山场站医院飞行员生理心理保障中心派驻保障，海军招收飞行学员医学选拔鉴定、舰载战斗机飞行员健康鉴定等任务。中心打造“身处都市心向党”的红色中心，积极推进“医研训教战”五位一体建设，形成了“两个中心”“四个基地”的职能定位、“一体两翼、三合驱动、四个重点、五项机制”的新发展格局。
第三名：中国人民解放军海军第九〇五医院
中国人民解放军海军第九〇五医院拥有核磁共振、DSA、16排及64排CT、PET-CT、直线加速器、全身伽马刀等大型医疗仪器设备近2.5亿元。医院先后被国家卫生部、国家药品监督管理局、国家中医药管理局、总后卫生部联合表彰为抗震救灾医药卫生先进集体，获得全军为部队服务达标先进医院、卫生信息化建设先进单位、上海市文明卫生标兵单位、拥政爱民模范单位等荣誉。
第四名：光华中西医结合医院
光华中西医结合医院，医疗设备齐全精良，有彩色多普勒超声诊断仪、CR成像系统、关节镜、胃肠镜、全自动酶标检测系统、全自动生化系统、被动关节训练器、24小时动态心电、血压监护分析系统、骨密度检测仪、四肢关节成像系统等仪器，有力地推动了业务发展，增强了医院的核心竞争力。
第五名：上海市皮肤病医院
上海市皮肤病医院是目前全市唯一一家以皮肤病、性病为主要诊疗特色的公立三级专科医院，在中国医院科技量值（STEM）排名中，该院分别取得皮肤病学综合排名全国第一（2020）、全国第二（2021）及五年总科技量值排名全国第二。医院专科特色显着，拥有齐全的皮肤病性病学亚学科，在化妆品安全性与功效性评价、ALA光动力临床应用、神经梅毒诊疗与性病实验诊断、银屑病的诊疗等方面，处于国内领先水平。
第六名：上海交通大学医学院附属同仁医院
上海交通大学医学院附属同仁医院，是上海开埠以来最早的西医院之一，19世纪末开展该市第一例眼科手术、卵巢切除术。该院是上海市区域性医疗中心建设单位、建立健全现代医院管理制度试点单位，拥有上海市重点专科6个，服务范围面向长宁和周边六区150万人口，承担着大虹桥区域危、急、重症疾病救治和传染病防控的主体任务。