重庆核医学科比较厉害的三个医院是陆军军医大学第一附属医院、重庆医科大学附属第一医院、陆军军医大学新桥医院。
陆军军医大学第一附属医院核医学科整合组建而成，是集医教研于一体的完整核医学学科，为博士授权点，综合实力居军内国内前列。重庆医科大学附属第一医院核医学科是重庆市核医学事业开端，坐拥市级核医学诊疗中心，设备先进、项目齐全，诊疗水平国内先进。陆军军医大学新桥医院核医学科历史悠久，在多项核医学诊断治疗领域形成特色优势。
1、陆军军医大学第一附属医院 核医学科
陆军军医大学第一附属医院核医学科于2001年7月由第三军医大学核医学教研室和西南医院核医学科组建而成，隶属于西南医院。其前身可追溯至1960年的西南医院内科同位素室和1973年的第三军医大学防护医学教研室同位素室，是国内军内首个融合实验与临床核医学的完整学科，现为影像医学与核医学博士学位授权点。
2、重庆医科大学附属第一医院 核医学科
重庆医科大学附属第一医院核医学科始建于1958年，前身为同位素室，是重庆市核医学事业的开端。科室2001年被授予“重庆市核医学诊疗中心”，引进多台先进诊疗设备，含世界前沿PET/CT及回旋加速器，设多个亚专业组，开展项目齐全、规模庞大，是重庆最早的影像医学与核医学硕士授权点，诊疗水平达国内先进。
3、陆军军医大学新桥医院 核医学科
陆军军医大学新桥医院核医学科成立于1973年，初期开展体外放射免疫检验工作，历经多年发展，先后引进多台核医学诊断仪器，曾并入放射科后于2005年恢复独立建制。科室率先开展多项SPECT影像诊断技术，在肿瘤骨转移早期诊断、癫痫病灶定位等方面有特色，核素治疗经验丰富，疗效显著。
4、重庆大坪医院 核医学科
重庆大坪医院核医学科成立于1975年，1996年开展SPECT显像，2002年引进PET及回旋加速器，是国内较早开展PET显像的单位之一。2010年引进先进PET/CT，后续完成回旋加速器及正电子药物制备场所升级，开展多项PET及SPECT相关诊疗项目，累计完成PET或PET/CT近3万例次，区域影响力突出。
5、重庆医科大学附属第二医院 核医学科
重庆医科大学附属第二医院核医学科是重庆市集医教研于一体的重点学科、硕士学位授予点，建科已有44年历史。科室开设14张核素病房，配备完善诊疗设施，开展PET/CT、SPECT/CT显像及多种核素治疗项目，率先开展神经内分泌肿瘤相关诊断技术，实验室检测项目齐全，服务专业全面。
