齐齐哈尔医学院附属第二医院擅长的科室有泌尿外科、皮肤科、普通外科、血液风湿科、消化内科等。
1、泌尿外科
齐齐哈尔医学院附属第二医院泌尿外科是集临床、教学、科研为一体的综合性科室，是医院的重点科室之一。经过多年的临床实践，微创技术水平一直处于全市领先水平。可实施经尿道前列腺电切术、经尿道膀胱肿瘤电切术，腹腔镜肾切除术等大部分腔镜手术。
2、皮肤科
齐齐哈尔医学院附属第二医院皮肤科凭借着独到的诊疗思路和行之有效的治疗手段，得到广大患者的认可。科室承担着皮肤科的临床诊疗、教学及科研工作。采用中西医结合方法治疗银屑病、白癜风、扁平疣等顽固性难治性皮肤病以及湿疹、荨麻疹、异位性皮炎、激素依赖性皮炎、过敏性紫癜、多型红斑、日光性皮炎、掌跖脓疱病等变态反应性疾病，疗效显著。
3、普通外科
齐齐哈尔医学院附属第二医院普通外科，是齐齐哈尔医学院附属第二医院重点科室，技术力量雄厚，是集医疗、教学、科研于一体的综合性科室。普通外科在甲状腺、乳腺、肝、胆、胰、脾等疾病的诊治水平已达到国内先进水平。血管外科隶属于普通外科，是具有全面的血管疾病处理能力和系统治疗血管及血管相关类疾病的专业性科室。
4、血液风湿科
齐齐哈尔医学院附属第二医院血液风湿科，现已经发展成为集医疗、教学、科研为一体的综合性黑龙江省西部地区血液治疗中心，是齐齐哈尔市重点学科、齐齐哈尔医学院重点学科。科室理论技术实力雄厚，临床及教学经验丰富，科研意识超前，专业技术人员对本专业新知识、新技术，国际、国内前沿动态掌握扎实，并大胆实践，创造出了有价值的成果，并最终回报社会，服务于患者。
5、消化内科
齐齐哈尔医学院附属第二医院消化内科在腔镜诊断、介入及微创治疗等新技术达到国内先进水平，是全市开展介入和微创治疗最多、最全面的科室，其中8项技术填补齐齐哈尔医学院附属第二医院空白，1项填补省内空白。如笑气镇痛下胃及肠镜、十二指肠镜、鼻胃镜检查直观、准确、快速诊断消化道疾病，首家开展DSA下球囊扩张术等，是首家开展尼龙绳结扎术不开刀治疗胃肠巨大息肉的机构。