贵州航天医院擅长的科室有呼吸内科、神经内科、肾脏风湿科、消化内科、泌尿外科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、呼吸内科
贵州航天医院呼吸内科目前是中国肺癌防治联盟“贵州航天医院肺结节诊治”中心，国家卫健委海医会呼吸分会ROSE专委会“诊断性介入肺脏病学快速现场评价”培训基地，国家呼吸病临床研究中心•中日医院呼吸专科医联体单位，重庆医科大学呼吸专科联盟副理事长单位，贵州省肺结核危重、耐药定点医院，也是院内重点学科。
2、神经内科
贵州航天医院神经内科为院内规模较大、学科建设较为齐全的学科之一，目前为院内重点学科。在医院的支持下，在学科带头人带领下，借助医院强大的神经电生理、神经放射和神经介入等优势，整合医疗资源，加强医疗、科研、教学、防控工作的全面、协调、可持续发展，已成为贵州省缺血性卒中科普基地遵义培训站。科室常年担负大量的神经科常见疾病的诊治工作及全国范围内神经科疑难重症的会诊及诊治任务。
3、肾脏风湿科
贵州航天医院肾脏风湿科成立2017年1月，是集医疗、科研、教学为一体的综合性临床学科，也是院内重点学科。在学科规模、设备和技术力量均达到省内先进水平，具备承担本专业药物临床研究的条件和实力。科室拥有现代化的血液净化中心和手术室，主要收治原发性肾小球肾炎、肾病综合征，高血压性肾病、糖尿病肾病、痛风性肾病，各种原因所致急、慢性肾功能衰竭，药物及毒物中毒等。
4、消化内科
贵州航天医院消化内科是集医疗、教学、科研为一体的专业学科，是医院的重点学科，全国胃食管反流病联盟单位，是具有一定规模、人才结构合理、诊疗设施齐全、技术力量雄厚的科室。科室设有病房、门诊、内镜室等功能部门，对消化内科常见病如各种急、慢性胃十二指肠炎，消化性溃疡、消化道出血、酒精性及药物性肝病，肝硬化及其并发症，结核性腹膜炎及肠结核、急慢性胰腺炎的诊治具有丰富的临床经验，诊疗水平在贵州省处于先进水平。
5、泌尿外科
贵州航天医院泌尿外科创建于1968年，由上海市第六人民医院及上海市肺科医院内迁组建而成。建科以来一直坚持“以医兴科、以医兴院，与时俱进”理念，通过持续发展，科室已经成为遵义市男科治疗中心，贵州省输尿管软镜培训基地，院级重点学科之一。科室在泌尿系肿瘤、泌尿系结石、前列腺、男科相关疾病诊断及治疗方面紧跟国内先进技术步伐，在省内处于前沿水平，有较高的知名度。