重庆市第九人民医院擅长的科室有神经内科、内分泌科、消化科、心内科、儿科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、神经内科
重庆市第九人民医院神经内科，是重庆市神经病学重点专科和重庆市区域医学重点学科，中国卒中学会挂牌综合卒中中心及国家卒中远程会诊中心重庆分中心，重庆市规培基地及重庆市优质护理病房，是重庆北部地区卒中（脑血管）救治技术实力最强的专科，拥有一支技术力量强、服务质量优的医护团队。
2、内分泌科
重庆市第九人民医院内分泌科是集医疗、教学、科研为一体的、治疗内分泌及代谢性疾病的专业学科。目前为重庆医科大学硕士研究生培养基地，重庆市区域医学重点学科、重庆市及北碚区临床重点专科，重庆市医学重点学科（全科医学科）的重要组成部分。重庆市及北碚区“巾帼文明岗”示范单位；重庆医科大学及西南大学药学院的教学基地，临床医师、全科医师及护士规范化培训基地。
3、消化科
重庆市第九人民医院消化科是北碚区临床重点专科、重庆市医疗特色食管疾病专科、重庆市住院医师规范化培训基地、西京消化病医院北碚区整合医学中心。拥有一支技术力量过硬的医护队伍，全科医护技术人员共35人，其中医生13人，护士22人，正高2人，副高3人，中级14人。全科有10人在省、市级学术团体担任副主任委员、常委、委员。
4、心内科
重庆市第九人民医院心内科是重庆北部地区最早设立的集医教研一体的心血管病学专科。于2016年获批重庆市北碚区临床重点专科；2017年获得国家胸痛中心认证。2018年获批重庆市临床重点专科；近年来科室专科发展突飞猛进，特别是心血管介入技术的普遍开展和规范实施，疾病诊治水平和服务理念不断提升，为本地区心血管病患者提供了坚强的健康保障。参编医学著作两部。公开发表学术论文20余篇。主持市区级科研课题两项。获重庆市优秀医务工作者，北碚区十佳医生等称号。
5、儿科
重庆市第九人民医院儿科，是重庆市北部区域规模较大的集医疗、教学、科研为一体的综合性科室。近年来，先后承担了国家级、重庆市级科研项目多项，在全国专业核心期刊发表论文数十篇。是重庆市儿童临床重点专科、重庆市区域性重点学科、重庆市住院医师规范化培训基地、重庆医科大学与第三军医大学（现陆军军医大学）临床教学基地。先后荣获全国卫生先进集体等三十多项殊荣。