上海东方肝胆外科医院擅长肝胆外科、胸心外科、中西医结合科、肝胆内科、肾病内科。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、肝胆外科
主要从事肝胆胰及普通外科疾病的外科诊治及研究。尤其在胆囊癌、肝门部胆管癌及壶腹周围癌根治性手术治疗，肝胆管结石、损伤性高位胆道狭窄、先天性胆管囊肿及多次术后病情复发的再次手术治疗等方面形成了鲜明的特色和优势，总体疗效国内领先。
2、胸心外科
配备术后监护室及一流的手术室及设备，获批限制类胸腔镜四级手术资质，开展肺癌、食管癌、贲门癌等手术，80%为全腔镜四级手术，输血率低于5%和并发症低于2%。在今年上半年获得上海市科技支撑项目和军委装备发展部十三五重点项目各一项，开设了胸心外科教学课程，成为医教研全面发展的三甲教学附院科室。
3、中西医结合科
发挥中西医结合特长，综合运用手术、介入、放疗、化疗和中医药治疗原发性肝癌及其它消化道肿瘤。对多种原因导致的阻塞性黄疸能采用内窥镜治疗，并对各种慢性肝炎、肝硬化和上消化道出血进行中西医治疗。运用独特的二十五音分析仪检查和治疗肿瘤、脚病、胆石症、肥胖症、消化不良、失眠等。
4、肝胆内科
主要以肝胆疾病诊断与处理为中心，尤以原发性肝癌的诊断与综合治疗为重点，并在肝硬化及其并发症，病毒性、自身免疫性肝病、先天性、遗传性、代谢性肝病，肝移植相关内科问题，以及胆道与胰腺疾病诊断与处理等方面均已经形成特色，在国内具有重要的学术地位与影响。
5、肾病内科
常规收治急慢性肾小球肾炎、肾病综合征、狼疮性肾炎、紫癜性肾炎、系统性血管炎肾损害等各种原发性与继发性肾脏疾病，以及急、慢性肾衰竭等病种；开展B超引导下经皮肾穿剌活检术、深静脉置管术、人工动静脉内瘘成形术、人工动静脉内瘘修补术、腹膜透析管置入术等手术操作，诊疗经验丰富。
