武警重庆总队医院擅长的科室有消化科、心内科、内分泌科、神经内科、泌尿外科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、消化科
武警重庆总队医院消化科技术力量雄厚，坚持以质量取胜、以特色取胜的发展思路，发挥消化科的医疗和临床特点，吸引了西南地区的大批病人。经过几代人的努力，形成了以消化系肿瘤、溃疡病、肝硬化、胃炎等的诊治为优势的临床特色。
2、心内科
武警重庆总队医院心内科技术力量雄厚，有心血管内科博士1名，硕士1名。在心血管病重危、急症的抢救方面积累了丰富的经验，具有独到之处，成功地救治了一大批垂危患者。本科对心血管专业的常见病及疑难重危症的诊断与治疗坚持以治疗指南诊治病人，切实减轻患者疾苦。
3、内分泌科
武警重庆总队医院内分泌科拥有南岸区“糖尿病教育中心”，现有高、中级专业技术人员6名，临床医疗、护理人员近30名。对内分泌危急重症的抢救、慢性并发症的处理有独特方法，尤其对糖尿病的胰岛素应用、强化治疗有较为深入的研究，目前对糖尿病的诊断和治疗水平居重庆市一流水平。
4、神经内科
武警重庆总队医院神经内科是医院的重点学科和重庆市重点专科，科室技术发展达到了重庆市先进水平。目前医院是南岸区唯一拥有独立的神经内科专科的三级甲等医院，发表各类学术论文60余篇，荣获全军科技进步三等奖1项，荣获武警部队科技进步三等奖5项，医疗成果三等奖1项。
5、泌尿外科
武警重庆总队医院泌尿外科随着人才技术力量持续发展壮大和医疗设备的不断更新，专科发展日新月异，蒸蒸日上。科室技术力量雄厚，有高级职称专家2名，中级职称人员3名，硕士研究生5名，住院医生5名，形成了较为合理的技术人才阶梯队伍。
