宁波市第二医院擅长肾病肾衰竭科、神经内科、骨科、肿瘤内科、感染科，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、肾病肾衰竭科
宁波市第二医院肾病肾衰竭科是省市共建医学重点学科、浙东区域专病中心、宁波市透析质量控制中心挂靠单位，建立了CKD管理平台，进行CKD早期筛查、规范诊疗、全程管理。中心积极开展新技术、新项目，提高疑难危重病的诊治水平，在宁波市率先开展血液透析、腹膜透析治疗，连续多年被省透析质控中心授予“腹透质量管理优秀单位”和“腹透质量管理优秀单位”，质控检查评分位于全省前列。
2、神经内科
宁波市第二医院神经内科历史渊远，底蕴扎实，年收治病人3500余名，年门诊量近47000人次。为宁波市重点学科单位。神经内科以临床、科研、教学三架马车齐头并进，注重科室建设，建设有脑血管病、运动障碍疾病、癫痫、肌病、免疫疾病等亚专业方向；神经内科积极开展脑血管病超急性期及介入治疗，是宁波市2020年唯一四星级的高级卒中中心。参与卒中中心建设长期位列全国卒中中心百强，最高排名为全国41位，领跑宁波。
3、骨科
宁波市第二医院骨科是集临床、科研与教学为一体的、在省内外享有较高声望的宁波市关节外科临床医学中心，中心主要开展各种关节病的诊治与关节镜微创手术，尤其是开展各种关节置换术，中心下设关节外科与关节镜外科，关节手术量年均1000余例，居宁波市首位。科室在断指再植等诸多方面均体现了突出的成绩，并已经在矫形整形、功能重建治疗的开展上取得了良好的口碑。
4、肿瘤内科
宁波市第二医院肿瘤内科为宁波市重点学科，在肿瘤临床和科研方面取得了很大的进步。医院开展的高位胆管癌切除术、肺癌支气管隆突切除术、直肠癌后盆腔清除术等，都达到了省内先进水平，率先在市内开设了肿瘤超声介入治疗，在肝癌、肺癌、胰腺癌等肿瘤介入治疗方面积累丰富的经验。
5、感染科
宁波市第二医院感染科是第一批宁波市特色临床重点专科。年门诊量达48000余人次，包括肝病专家门诊、肝病专科门诊、肝硬化、脂肪肝及感染VCT专家、专科门诊。感染科是省市共建传染病重点学科，急性感染科是其重要组成科室之一，急性感染科是宁波市传染病质控中心，对加强全市传染病防治能力具有重要意义。
