首都医科大学附属北京同仁医院亦庄院区擅长医学视光科、血液内科、神经内科、综合内科，消化内科，这些科室学科特色鲜明，优势明显，患者可根据实际情况选择合适的科室就诊。
1、医学视光科
是集医疗、教学、科研为一体的专业视光学部门，是中国民族卫生协会眼科学会授予《儿童近视精准防治临床示范基地》，是首都医科大学附属北京同仁医院亦庄院区医学视光学特色专科。下设儿童近视矫治、角膜屈光手术、成人高度近视、老视矫治等四项特色专科门诊，主要开展各类屈光不正诊治、儿童眼视光档案建立及近视防控指导、视功能检查和训练等工作。
2、血液内科
是集医疗、教学、科研为一体的北京市重点专科，为北京市淋巴瘤协作组鼻型结外NK/T细胞淋巴瘤诊疗组长单位及中华医学会血液学分会常务委员单位。拥有完善的血液内科实验室，可开展细胞形态学、流式细胞学、细胞遗传学及分子学检测。在血液系统恶性肿瘤，尤其是淋巴瘤的诊治水平为国内领先。
3、神经内科
配备有肌电图、脑电图、TCD等先进设备，拥有整套先进电生理检查设备，梯队层次配备完整，可为疾病的诊断提供科学依据。科室划分为神经感染、神经免疫、神经眼科等亚专科，可独立开展眼肌痉挛、面肌痉挛诊治与肉毒素治疗，并取得良好疗效。
4、综合内科
是集内分泌糖尿病科、消化科、呼吸科、血液科、风湿科和肾内科等各亚科为一体。拥有一批高素质、高水平的技术骨干，具有良好的医德医风，能熟练地诊治各种常见病、多发病，并积累了丰富的疑难病例诊断与治疗经验，对于各系统疾病均具备完善的诊断和综合治疗能力。
5、消化内科
是首都医科大学的硕士生及博士生培养点，是较早开展胃肠镜检查技术的北京市级医院之一，是北京市级医院中最早开展胃肠道压力测定的科室。学术专业齐全，具有先进的诊疗技术设备，能进行各种消化管疾病的诊断及治疗。
