首都医科大学附属北京佑安医院擅长的科室有普通外科、肿瘤内科、肝病中心、中西医结合中心、重症医学科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、普通外科
普通外科中心是首都医科大学附属北京佑安医院重点科室，包括肝移植中心和普通外科两个病区，专业特色为肝移植和肝胆系统恶性肿瘤的外科及微创治疗。由普通外科中心牵头北京佑安医院成为了“国家第一批肝癌规范诊疗质量控制试点单位”，也成功申报“首都医科大学肝癌临床诊疗与研究中心”，经过10余年的肝移植工作积累，佑安医院获批国家卫健委认定的“肝脏移植执业医师培训基地”，同时获批“北京市医院管理局重点医学专业发展计划(扬帆计划)-肝脏重点专科”
2、肿瘤内科
肿瘤内科是首都医科大学附属北京佑安医院的特色专业科室，拥有设备先进、功能齐全的现代化病房、专业门诊及联合共建实验室。 科室主要从事肝脏疾病及肿瘤的临床诊疗工作。肝脏疾病主要包括病毒性肝炎、酒精性肝损害、药物性肝损害、脂肪肝、自身免疫性肝炎等。科室充分发挥医院以肝炎-肝硬化-肝癌临床系列疾病诊治为重心的优势，开展慢乙肝中枢免疫治疗策略临床研究，突出肝癌的肿瘤生物治疗模式，开展肝癌特异性免疫细胞治疗的临床转化研究，免疫治疗方面独具特色。
3、肝病中心
首都医科大学附属北京佑安医院肝病中心是以“病毒性肝炎”、“肝炎肝硬化及相关并发症”“罕见复杂肝病”为核心特色，集医疗、教学、科研、培训、国际交流与合作为一体的整合式肝病诊疗中心。科室技术力量雄厚，擅长各种急慢性肝病的诊治、疑难肝病的诊断及重症抢救，诊疗水平位居全国前列。
4、中西医结合中心
首都医科大学附属北京佑安医院中西医结合中心创建于1957年，50余年来在几代人的不懈努力下，坚持中西医结合、临床科研结合、临床教学结合的发展模式，已经成为国家卫生健康委中医肝病临床重点专科、国家中医药管理局传染病重点学科、国家中医肝病新药临床试验基地、国家中医药管理局传染病临床基地和重点研究室、全国综合医院中医工作示范单位、北京市中西医结合肝病/传染病重点学科、北京市肝胆疑难病中医会诊中心。
5、重症医学科
首都医科大学附属北京佑安医院重症医学科成立于2003年，凭借先进的仪器设备，精湛的医疗技术和优质的护理水平，将致力于打造肝病内科重症支持+肝移植+外科重症支持的终末期肝病终极诊疗体系。总体肝移植围手术期死亡率<5%，尤其是急慢性肝衰竭合并多器官功能障碍患者的肝移植围手术期成功率>80%，领先于国际水平，是国内肝病及肝移植围手术期危重患者救治最有经验的重症团队之一。
