南通儿童医院排名推荐的有南通大学附属医院、南通市第一人民医院、海安市人民医院等。南通大学附属医院小儿内科是江苏省临床重点专科，是南通地区儿童就诊的医疗中心；南通市第一人民医院儿科成立了南通市儿童癫痫治疗中心、儿童铅中毒防治中心；海安市人民医院儿科为南通市临床重点专科。
第一名：南通大学附属医院-小儿内科
南通大学附属医院小儿内科是江苏省临床重点专科，医疗、教学、科研等各方面在南通乃至整个苏中苏北地区处于领先地位，是南通地区儿童就诊的医疗中心。科室分为新生儿、血液、肾脏、神经、心血管、呼吸、内分泌、消化、重症、儿童保健等专业组，并有相应的专科门诊。心血管组率先开展先心介入治疗等；肾脏组率先在南通市开展儿童肾活检术，是南通市唯一儿童夜遗尿定点诊治单位。
第二名：南通市第一人民医院-儿科
南通市第一人民医院儿科建于上世纪六十年代初，当年即被评为市级先进集体。开设多项专科门诊：儿童哮喘病、矮小症、性早熟、肥胖症、儿童心理障碍、多动症、抽动障碍等专病门诊。成立了南通市儿童癫痫治疗中心、儿童铅中毒防治中心。拥有国际上最先进的英国SLE高频呼吸机、德国SV―300A呼吸机，移动式X光机，婴儿高压氧舱等设备，常规开展的临床项目有：脑生物反馈系统治疗多动症、高压氧治疗脑损伤、抗癫痫药物血浓度的监测等。
第三名：海安市人民医院-儿科
海安市人民医院儿科2011年评为南通市临床重点专科，2012年评为南通市医学重点学科，2017年首批通过江苏省县级危重新生儿救治中心验收，系国家级母婴友好医院。承担多所高等院校的教学任务以及住院医师规范化培训的工作。能处理儿内科各种常见病、多发病，对疑难杂症的诊治亦积累了丰富的经验，业务覆盖海安及周边地区。承担了多项市级科研课题。
第四名：海门市人民医院-儿科
海门市人民医院儿科是全市唯一的集儿童疾病的诊治、预防、教学、科研为一体的专科，承担着全市儿童的医疗保健任务，设有门诊、急诊、儿科输液中心和病房。配备有心脏遥测监护仪、早产儿暖箱、光疗箱经皮黄疸测定仪等先进设备。在南通市同级医院中率先开展新生儿换血重症溶血性黄疸，受到患儿家长及毕业社会各界的一致好评。对小儿肺炎、小儿惊厥等儿科常见疾病以及新生儿败血症、新生儿硬肿症等疾病的诊疗，具有丰富的临床经验。
第五名：启东市人民医院-儿科
启东市人民医院儿科为启东市手足口病定点医院，成功地治愈了许多手足口病患儿，包括重症患儿。开展省、市级科研项目多项，其中2项课题列入江苏省社会发展计划，多项成果分别通过省级及南通市级科技鉴定。成功地抢救许多危重病人，如新生儿窒息、新生儿缺氧缺血性脑病、极低出生体重早产儿等等，抢救成功率达98%，充分体现了儿科的社会信誉度和综合实力。对支气管哮喘、难治性肾病综合征等疾病有丰富的治疗经验。
第六名：南通市通州区人民医院-儿科
南通市通州区人民医院儿科是全区儿科疾病防治中心、危重新生儿救治中心，熟练诊治儿科各种常见病、多发病，开设了儿保门诊、矮小门诊、哮喘门诊、小儿心理咨询等特色门诊。配备新生儿暖箱、蓝光箱、呼吸机等专用医疗设备，在新生儿窒息、新生儿肺炎、新生儿黄疸等疾病的诊治方面取得显著的疗效。近几年市级科研立项2项，区级科研立项1项。
第七名：如皋市人民医院-儿科
如皋市人民医院儿科是南通市临床重点专科，是如皋市规模最大、综合实力最强、疾病诊治最规范的儿童疾病诊疗中心，是南通地区同级别医院中儿科门急诊量最大的科室，是江苏省儿科联盟成员单位和儿科联盟急救专委会成员单位。拥有早产儿培养箱、新生儿黄疸治疗箱、远红外辐射保暖床、低压吸引器等设备，对儿童哮喘、新生儿窒息复苏、神经系统感染、儿童糖尿病、矮小症、性早熟、儿童保健、小儿各种中毒与急救等疾病有较高的诊治水平。