南华大学附属第二医院擅长消化科、呼吸与危重医学科、神经内科、普外科、神经外科。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、消化科
南华大学附属第二医院消化科，先后被评为湖南省重点专科、湖南省“十二五”重点建设学科、南华大学重点学科等。目前消化内科已形成了胆道胰腺介入治疗、消化道早癌、消化道出血、慢性肝病和胃肠动力等5个亚专科方向，在此基础上拟开展“NOTES”理念下的内镜手术，配备小肠镜以提升诊断水平，开展消化内镜内痔套扎、硬化剂注射术等治疗。结合学科发展趋势，横向增加消化系统疾病营养治疗亚专科、IBD区域诊疗中心等。
2、呼吸与危重医学科
南华大学附属第二医院呼吸与危重医学科，是全国PCMM规范化建设三级医院优秀单位、湖南省临床重点专科(湘南唯一)。设备设施先进。拥有超声支气管镜、硬质支气管镜、内科胸腔镜、无创呼吸机、有创呼吸机、冷冻仪、氩气刀、球囊、微波治疗仪、肺功能仪、血气分析仪、睡眠呼吸障碍监测仪等先进设备。成熟开展支气管镜下常规活检、刷检、肺泡灌洗， TBLB、TBNA、气管支架置入术等诊断技术。
3、神经内科
南华大学附属第二医院神经内科，是湖南省厅直临床重点专科、湖南省省级临床重点专科。医疗设备该科拥有2台血管造影机(DSA)、CT机4台、磁共振3台，在病区内有多导睡眠监测仪3套，便携式睡眠监测仪1套，睡眠治疗仪2台以及无创正压通气呼吸机4台，经颅治疗仪2台，颈部血管彩色多普勒2台，经颅多普勒彩色超声仪2台。诊疗范围脑血管疾病(脑出血、脑梗塞，蛛网膜下腔出血等脑血管疾病)、认知障碍疾病等。
4、普外科
南华大学附属第二医院普外科，是湖南省重点学科。主要致力于普外科微创诊治技术、普外恶性肿瘤的多学科治疗、重症胰腺炎多学科治疗三个发展方向。普通外科在湘南地区最早开展腹腔镜下肝叶切除、腹腔镜下胰体尾切除、腹腔镜下脾脏切除及腹腔镜下胃癌、结直肠癌根治术，其技术水平居湖南省领先地位。科室特色医疗设备先进齐全：近年先后投入了8000多万元，购置了高清腹腔镜、电子胃镜、十二指肠镜等多种先进的诊疗设备。
5、神经外科
南华大学附属第二医院神经外科，2015年确定为湖南省首批临床重点专科建设项目，并于2020年通过验收。在脑血管病、颅脑损伤、神经重症、中枢神经系统肿瘤、神经系统功能性疾病的诊治方面拥有区域优势，在湘南地区最早开展巨大动静脉畸形的复合手术切除、神经内镜下垂体瘤切除、三叉神经痛微血管减压术、唤醒麻醉下功能区肿瘤切除、植物人促醒手术等。
