广西壮族自治区南溪山医院擅长的科室有心血管内科、消化内科、眼科、儿科、呼吸内科等。
1、心血管内科
广西壮族自治区南溪山医院心血管内科成立于1968年，是桂北地区最早成立的心血管内科专科。率先在桂北地区开设规范的冠心病监护病房（CCU），是桂北地区最早全面获得卫生部批准开展冠心病介入治疗、心律失常介入治疗、先心病介入治疗准入资质的单位，对各类心血管疾病的诊治尤为擅长，在桂北地区享有较高的声誉。该科是医院重点学科及广西重点培育建设学科，被定为桂林市农村儿童先天性心脏病介入手术唯一定点医院。心血管内科是国家卫生部住院医师规范化培训基地。
2、消化内科
广西壮族自治区南溪山医院消化内科创建于上世纪七十年代，设有消化内科专科及专家门诊、独立的病房以及独立的护理单元、内镜中心、消化功能实验室、胶囊内镜室，对急性胰腺炎、消化道出血、缺血性肠病、炎症性肠病等疾病诊疗形成了良好的诊治流程，抢救成功率高，已形成了以急性胰腺炎、消化道出血、炎症性肠病等疑难危重病人为主的亚专科诊疗团队。
3、眼科
广西壮族自治区南溪山医院眼科是桂北地区最早成立的眼科专科，是广西区内首个开展白内障超声乳化手术的专科，在桂林市率先开展复杂性视网膜脱离玻璃体切除手术，尤其在复杂性白内障、难治性青光眼、复杂性玻璃体视网膜疾病、复杂性眼外伤等难治性眼病的诊治水平达到国内先进水平。
4、儿科
广西壮族自治区南溪山医院儿科创立于1976年，临床技术处于广西领先水平，在桂北地区以及桂东南、湘粤等部分地区享有良好的声誉。科室建立了桂林市首个独立的儿童重症监护病房(PICU)，开展了儿童机械通气、儿童呼吸内镜、儿童床旁血液净化等诊疗技术，填补了桂林市儿科的学科空白，诊疗水平在广西区内领先。
5、呼吸内科
广西壮族自治区南溪山医院呼吸内科是桂林市最早建立的呼吸专科之一，有着悠久的历史和严谨务实的学科文化。目前病区拥有一支高素质、高学历的医护队伍，使科室的医疗、护理质量处于区内领先水平，是集医疗、科研、教学为一体的三级甲等医院呼吸专科病区。获2021年“广西壮族自治区重点专科培育单位”，除常规开展呼吸系统常见病和多发病的诊治以外，还全面开展罕见病、急危重症的救治。