上海小儿内科医院比较厉害的是复旦大学附属儿科医院，上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心，上海交通大学医学院附属新华医院。
复旦大学附属儿科医院儿科综合内科作为国家儿童医学中心的核心科室，在常见病诊疗上经验丰富。上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心儿内科以儿童神经专业，特别是癫痫多学科诊疗闻名。上海交通大学医学院附属新华医院小儿内科是教育部211重点学科，规模与综合实力领先。
1、复旦大学附属儿科医院 儿科综合内科
作为国家儿童医学中心（上海）的核心组成部分，科室汇聚了临床经验丰富的高年资专家团队，中国医院及专科声誉排行榜连续多年位居第一，是医院诊治体系的基石。
科室在儿童各类常见病、多发病的规范化诊疗方面积淀深厚，尤其擅长小儿呼吸道感染（感冒、咳嗽、发热）、消化道疾病（腹泻、呕吐）及泌尿系统感染等疾病的诊治，为广大儿童提供基础、全面且优质的医疗服务，支撑起医院庞大的门诊需求。
2、上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心 儿内科
该科是全国最早成立的儿科神经专业之一，现为中国抗癫痫协会等多个国家级专业学会的核心委员单位。科室牵头成立“儿童癫痫诊治中心”，整合神经内科、外科等多学科力量，在癫痫、热性惊厥、脑炎、神经系统遗传代谢病等疾病的诊疗上处于国内先进水平。
常规开展ACTH治疗、生酮饮食、癫痫手术等综合疗法，是华东地区重要的儿童神经系统疾病诊疗中心。
3、上海交通大学医学院附属新华医院 小儿内科
科室是教育部211重点建设学科、上海市教委重点学科，其儿童呼吸专业为国家临床重点专科，学科声誉长期位列全国前列。亚专业设置极为齐全，涵盖呼吸、神经、急救、肾脏、血液等全部方向，并配备ICU、支气管镜、血液净化等先进技术平台。
作为国内最早建立儿科ICU的单位之一，危重患儿抢救成功率领先，是集顶尖医疗、教学与科研于一体的国家级儿科重镇。
4、上海市儿童医院 儿内科
科室由一支高年资、经验丰富的医师团队构成，专注于儿童各类内科常见疾病的诊治。在儿童消化系统疾病方面尤为擅长，如各类消化不良、急慢性胃炎、肠炎、腹泻、便秘等，同时对于儿童发热性疾病、病毒性心肌炎等亦有丰富的诊疗经验。作为上海市重要的儿童专科医院，科室为患儿提供规范、专业的综合内科诊疗服务。
5、复旦大学附属中山医院 儿科
作为顶尖综合性医院的重要科室，儿科依托医院强大的多学科综合实力，为患儿提供全方位的医疗服务。科室在新生儿疾病（如窒息、缺血缺氧性脑病、颅内出血）的救治，以及儿童常见呼吸系统疾病（支气管炎、肺炎）、消化系统疾病（肠炎、腹泻）和营养性疾病（如维生素D缺乏性佝偻病）的诊治方面经验丰富，能够处理各类儿科常见病、多发病及疑难病症。
