东莞市中医院擅长的科室有骨伤科、消化内科、心血管内科、神经内科、内分泌科等。
1、骨伤科
东莞市中医院骨伤科，是国家重点专科、国家中医医院最佳临床型专科、广东省高水平临床重点专科，率先在东莞地区开展全髋人工关节置换、主干血管断裂的吻合以及脊柱骨折脱位并截瘫的复位内固定等新术式，以手法复位、小夹板为特色治疗各类骨折脱位，运用自制汤药、膏、丹、丸、散、酒、熏蒸等中医特色疗法治疗骨伤、筋伤、内伤等各种跌打损伤。
2、消化内科
东莞市中医院消化内科是国家重点专科、国家中医医院最佳临床型专科、广东省高水平临床重点专科，熟悉消化内科常见病、多发病、疑难病的诊治，尤其在治疗胆囊炎、胆总管结石、急慢性胰腺炎、急性化脓性胆管炎、胆管癌、胰腺癌、药物性肝损害、肝纤维化等方面具有显著优势。
3、心血管内科
东莞市中医院心血管内科，是广东省中医重点专科、东莞市医学临床重点专科、国家中医医院最佳临床型专科，擅长运用中西医结合救治心血管疑难急危重症，如急性冠脉综合征、恶性心律失常、高血压急症、重症心肌炎、难治性心力衰竭等。现已成熟开展心血管各种介入诊疗技术，如冠状动脉造影术、冠状动脉介入治疗术、先天性心脏病的介入治疗等，介入诊疗水平达到市内先进水平。
4、神经内科
东莞市中医院神经内科，是广东省“十一五”首批中医重点专科，东莞市医学临床重点专科，以“中医为主，中西结合，兼容并重”为原则，形成以脑血管病（中风）为首要病种的，眩晕、痴呆、颤证、头痛及面瘫等为重点病种的中西医结合临床专科。专科实力不断增强，电生理室、高压氧室等方面的技术逐步成熟，对脑病专科疾病的急救、诊断、治疗、康复、预防等方面能力在东莞市内处于领先水平。
5、内分泌科
东莞市中医院内分泌科，是广东省中医内分泌重点专科、东莞市中医内分泌重点专科，在治疗常见内分泌代谢疾病，如糖尿病、痛风、各类甲状腺疾病、难治性高血压病、电解质（钾、钠、钙、磷）紊乱、骨代谢疾病、垂体疾病、肾上腺疾病、性腺疾病、儿童生长发育异常等，既有规范的现代医学的诊疗手段，又有鲜明的中医特色。
