南京内分泌科比较好的医院是南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院、东南大学附属中大医院，南京医科大学第一附属医院是国家临床重点专科、江苏省临床重点专科等，亚专科分类齐全，开设多个特色专病门诊。南京大学医学院附属鼓楼医院内分泌科，入选复旦榜2020年度最佳专科排行榜第11名；东南大学附属中大医院内分泌科，是江苏省临床重点专科，是博士学位授予点。
第一名：南京医科大学第一附属医院-内分泌科
江苏省人民医院（南京医科大学第一附属医院）内分泌科是全国最早开展内分泌及代谢性疾病的医疗、教学和科研基地之一，目前是国家临床重点专科、江苏省临床重点专科、江苏省内分泌代谢病医疗质控中心。科室亚专科分类齐全，除糖尿病、甲状腺疾病等常规门诊外，还开设代谢性骨病、妊娠相关内分泌代谢疾病等特色专病门诊。拥有1型糖尿病免疫诊断及免疫治疗技术，临床胰岛细胞移植技术，基于胰岛功能的糖尿病治疗技术，甲状腺疾病超细针穿刺诊断等特色诊疗技术。
第二名：南京鼓楼医院-内分泌科
南京大学医学院附属鼓楼医院内分泌科是卫生部国家临床重点专科，国家代谢性疾病临床医学研究中心分中心（省级中心），江苏省内分泌专业质量控制中心，江苏省代谢性疾病临床诊疗中心，江苏省代谢病医学重点学科，江苏省临床重点专科，南京市内分泌代谢病临床医学中心，国家药品和食品监督管理局药品临床试验基地，卫生部基层医师培训基地，南京大学、北京协和医学院、南京医科大学博士及硕士学位授予点。学科集医疗科研教学为一体，入选复旦榜2020年度最佳专科排行榜第11名（江苏排名前列）。
第三名：东南大学附属中大医院-内分泌科
东南大学附属中大医院内分泌科，是江苏省临床重点专科，博士学位授予点。设有临床内分泌实验室、糖尿病并发症一体化筛查中心、糖尿病足病中心、糖尿病自我管理培训学校、糖尿病运动康复中心、基层特色科室孵化中心。在糖尿病教育、糖尿病及其并发症一体化筛查、糖尿病足病诊治、甲状腺结节穿刺与消融术方面居省内领先水平。
第四名：东部战区总医院-内分泌科
东部战区总医院内分泌科是南京军区内分泌中心，南京市医学重点专科，设有门诊、病区、内分泌实验室和糖尿病教育中心。综合实力强，对临床各类内分泌代谢疾病的诊断治疗均达到国内先进水平，能够诊治各种疑难复杂的内分泌代谢性疾病，抢救各种内分泌代谢系统危急重症。
第五名：南京市第一医院-内分泌科
南京市第一医院内分泌科，为全国成立较早的内分泌专科之一，已发展成为医、教、研为一体、技术力量雄厚、设备先进、医疗水平精湛的医疗中心，南京市糖尿病防治中心，为南京市及江苏省临床重点专科，南京医科大学硕士、博士培养点。在国内率先开展糖尿病强化治疗，对于新诊断的糖尿病患者，强化治疗的临床缓解率高达30%，居国内领先。
第六名：南京脑科医院-内分泌科
南京脑科医院内分泌科配备有Dana胰岛素泵、美敦力动态血糖监测系统、美国通用电气双能X线骨密度仪等先进设备，常规开展胰岛素泵强化治疗、动态血糖监测、骨密度测定、血酮体测定等治疗及检查项目，为患者提供了丰富的诊疗手段。收治糖尿病及其相关并发症、垂体疾病、甲状腺疾病、代谢综合征等内分泌专病患者。承担多项国家和省市级课题项目。
第七名：南京市第二医院-内分泌科
南京市第二医院内分泌科专门成立了糖尿病护理管理小组，对内分泌疾病护理有专门措施。主要收治内分泌病：糖尿病、包括1-型糖尿病、2型糖尿病等。糖尿病合并肝病。甲状腺疾病：甲状腺功能亢进、甲状腺功能减退等。甲状腺疾病合并肝病。肝病合并高血压、冠心病、脑梗等。
第八名：江苏省中西医结合医院-内分泌科
江苏省中西医结合医院内分泌科是江苏省重点专科、国家标准化代谢病管理中心、中国中医药管理局“瘿病证治重点研究室”、重大疑难疾病中西医临床协作试点单位。开设了糖尿病、甲状腺疾病、骨质疏松、孕产妇内分泌疾病、青少年糖尿病、男性生殖内分泌疾病、内分泌疑难杂症等专病门诊，并设有限食疗法、康复与理疗、健康教育、共同照护、共享医疗等特色诊疗项目。
第九名：南京医科大学附属江宁医院-内分泌科
南京医科大学附属江宁医院内分泌科是南京医科大学内分泌及代谢病专业硕士点，配备免散瞳眼底照相机、胰岛素持续皮下注射泵、动态血糖检测仪、糖尿病足病筛查仪、双能骨密度仪等先进专科设备。专科优势技术主要有五大类，即糖尿病及其并发症的诊治；甲状腺相关疾病的诊治；骨质疏松症的诊治；代谢性疾病的诊治；内分泌相关疾病的诊治。主持国家自然科学基金等多个科研课题及多项全国（国际）多中心药物临床研究项目。
第十名：南京市中西医结合医院-内分泌科
南京市中西医结合医院内分泌科现为南京市中医重点专科建设单位，充分发挥中医中药特色，不断完善与丰富专科诊疗技术。下设糖尿病专科门诊、风湿免疫专科门诊。优势病种3项，分别为消渴病（糖尿病）、消渴病痹症（糖尿病周围神经病变）、消渴病肾病（早中期、糖尿病肾病）。
