西安医学院第二附属医院擅长的科室有心血管内科、神经外科、妇科、医学影像科、眼科等。
1、心血管内科
西安医学院第二附属医院心血管内科是心血管介入准入制度后省内首批获得介入资格的医院之一，也是省临床重点专科，西安医学院重点建设学科，承担多项国家级、省级科研基金项目。特色诊疗为冠心病的介入治疗；冠状动脉造影术；冠脉内球囊成形术及冠脉支架植入术；冠状动脉旋磨术；冠脉内超声；心脏电生理检查与射频消融术：采取CARTO三维电标测技术治疗心房颤动、室上性心动过速、心房扑动、室性早搏、室性心动过速等。
2、神经外科
西安医学院第二附属医院神经外科业务开展可追溯到上世纪60年代，上世纪80年代初初具规模，2009年独立成科，2012年成为西安医学院重点学科。科室目前为中国医师协会神经损伤委员会委员单位、陕西省抗癌协会神经肿瘤委员会委员单位、陕西省抗癫痫协会理事单位。并与西安交通大学第一医院、广州军区武汉总医院、空军军医大学西京医院、唐都医院等国内享有盛誉的医院进行密切的技术合作。
3、妇科
西安医学院第二附属医院妇科是一支团结向上的团队，是校级重点建设学科，年门诊量达5万余人次，全年手术6000余台，年住院手术量500余台，其中腹腔镜手术达到住院手术的80℅以上。专业范围包括各种妇科良、恶性肿瘤的手术和化疗、妇科炎症的治疗、妇科内分泌疾病的治疗、不孕不育、计划生育、无痛人流、药流、各孕周计划外怀孕的引产等。科室特色随着病人数量的增加及诊疗技术水平的提高，已形成了自己的特色及优势。
4、医学影像科
西安医学院第二附属医院医学影像科是省临床重点专科，医院医技部门重点科室，科室在1937年医院建院的同时设立，是西北地区乃至全国最早引进国外进口影像设备的科室之一。科室设备先进，诊疗技术过硬。在过去的几十年里，医学影像科常规放射线检查承担了陕西纺织系统30余万职工、家属及属地社会人群健康体检、疾病预防及诊疗工作，培训并支援基层单位开展业务工作，为地区医疗卫生事业做出巨大贡献。
5、眼科
西安医学院第二附属医院眼科为陕西省重点建设学科、省级优势学科，西安市白内障手术定点医院及“西安市白内障复明手术先进集体”，技术力量雄厚，免疫眼病研究所团队本着认真负责的钻研精神，对于各种免疫性眼病及全身病引起的眼病进行深入研究。如甲亢性眼病、眼部瘢痕性类天疱疮、红斑痤疮性眼病、复发性多软骨炎、白塞氏综合征、干燥综合征、小柳-原田综合征等，检查手段先进全面，治疗方法独特，治疗效果满意。