南京中医消化科医院排名比较靠前的是江苏省中医院、南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院。
江苏省中医院脾胃病科是全国脾胃病领域顶尖专科，集国医大师、全国名中医于一体，多项国家级平台加持，炎症性肠病、癌前病变等诊疗实力全国领先。南京医科大学第一附属医院中医科是全国综合医院中医药示范单位，中医消化专科实力突出，名医荟萃，擅长疑难胃肠病中西医结合治疗。南京鼓楼医院中医科是江苏省综合医院中医重点专科与质控中心，中医脾胃病、针灸特色技术国内领先，医教研综合实力强劲。
1.江苏省中医院 脾胃病科
江苏省中医院脾胃病科由孟河医派名家创立，拥有国医大师、全国名中医、岐黄学者等顶尖人才，是国家临床重点专科、国家区域中医脾胃病诊疗中心、全国唯一脾胃病方向国家中医临床研究基地。
专科在炎症性肠病、慢性萎缩性胃炎癌前病变、肠易激综合征等领域优势显著，研发16种特色中药制剂，临床疗效突出。承担多项国家级课题，牵头制定行业标准，担任多个国家级学会副会长单位，科研与学术水平全国领先，是华东乃至全国脾胃病诊疗标杆科室。
2.南京医科大学第一附属医院 中医科
南京医科大学第一附属医院中医科是首批全国综合医院中医药工作示范单位、国家药物临床试验机构中医消化专业，设中医消化脾胃等四大亚专科。科室拥有国务院特殊津贴专家、省名中医及省级中医药领军人才，学科带头人国内知名。
科室擅长胃肠癌前期病变中医逆转、功能性胃肠病、反流性食管炎等疑难杂症。科室集临床、教学、科研、国际合作于一体，中西医结合诊疗水平省内领先。
3.南京鼓楼医院 中医科
南京鼓楼医院中医科是江苏省综合医院临床重点专科、中医专业质量控制中心，为高校硕博士培养点及教学基地，科室以中医脾胃病、针灸推拿骨伤、中医肿瘤为特色优势，胃肠功能障碍针刺综合治疗等技术国内领先，开展心身疾病多学科联合诊疗。
科室擅长炎症性肠病、顽固性便秘、术后胃肠动力障碍等脾胃病症，同时在颈肩腰腿痛、肿瘤康复、神经系统疾病方面疗效确切。
4.东南大学附属中大医院 中医内科
东南大学附属中大医院中医内科是江苏省综合医院示范中医科、东南大学硕士授予点，专家在省中医药及中西医结合学会担任重要职务，承担各级科研课题，学术成果丰富。
擅长脾胃肝胆疾病、失眠、肿瘤、亚健康、心脑血管病、糖尿病及妇科病的中医诊治，将传统辨证与TDS经络检测、智能通络治疗仪结合，形成特色诊疗体系，在胃肠病、更年期综合征、过敏性鼻炎、肿瘤中医调理等方面经验独到，中西医结合调治优势明显。
5.南京市第一医院 中医科
南京市第一医院中医科是集医疗、教学、科研于一体的一级临床科室，高学历人才构成合理。科室以“调脾胃、祛湿气”为核心特色，运用系统祛湿法调理体质，在功能性胃肠病、内分泌紊乱、顽固性失眠、肿瘤、慢性咳嗽等方面经验丰富。
针灸科开展针刺、艾灸、小针刀、穴位埋线等综合疗法，常年开展冬病夏治三伏贴、三伏灸，对虚寒性胃肠病、呼吸道疾病疗效突出。
