厦门有厦门大学附属第一医院、厦门大学附属中山医院、厦门医学院附属第二医院等医院。厦门大学附属第一医院在国家卫健委公布的2020年度全国三级公立医院绩效考核榜单中，医院排名全国第56名，全市第一，连续5年跻身中国医院竞争力·顶级医院百强榜。厦门大学附属中山医院在2019年—2021年全国三级公立医院绩效考核中，连续三年荣获“国考”A+评价，并跻身顶级医院100强。厦门医学院附属第二医院是厦门岛外唯一一所三级甲等综合性公立医院，拥有省级临床重点专科1个、医学中心1个。
第一名：厦门大学附属第一医院
厦门大学附属第一医院是一所集医疗、教学、科研、预防及康复为一体的闽西南规模最大的三级甲等综合性医院，在国家卫健委公布的2020年度全国三级公立医院绩效考核榜单中，医院排名全国第56名，全市第一。已连续5年跻身“中国医院竞争力·顶级医院百强榜”，位列第85位，最早实现厦门市全国顶级医院百强榜零的突破，继续领跑闽西南。
第二名：厦门大学附属中山医院
厦门大学附属中山医院现已发展成为集医疗、教学、科研、预防保健于一体的三级甲等综合性医院和世界知名高水平研究型大学附属医院，2019年—2021年，全国三级公立医院绩效考核中，中山医院连续三年荣获“国考”A+评价，并跻身2021中国医院竞争力排行榜“顶级医院100强”，多个学科率先开展了临床新技术和新项目，填补了许多医疗技术空白。
第三名：厦门医学院附属第二医院
厦门医学院附属第二医院是厦门岛外唯一一所集医疗、教学、科研、急救为一体的三级甲等综合性公立医院，拥有省级临床重点专科1个、医学中心1个、市级医学中心1个，6个市级规划重点专科等，其中呼吸介入诊疗在经软质支气管镜及硬质气管镜下置入支架等治疗技术方面达国际先进水平，年呼吸内镜检查治疗1万余例。
第四名：厦门中医院
厦门中医院在2019年国家公立三级中医医院绩效考核等级A级，全国排名66位，福建省排名首位。2020年艾力彼中国中医医院百强排名41位。是国家卫生健康委建立健全现代医院管理制度全国试点、福建省3家名优中医院建设单位之一。2020年成为福建省省级文明单位。
第五名：厦门市仙岳医院
厦门市仙岳医院现已成为一所集医疗、教学、科研、预防保健、康复于一体的三级甲等精神专科医院，连续三年蝉联国家三级公立医院绩效考核精神专科领域全国前二十、全省第一。近年来，医院的中西医结合精神科、儿童青少年心理科等多个学科获评省市重点学科，获得国家自然科学基金项目1项、福建医学科技奖三等奖1项、厦门市科技进步奖三等奖1项（第二完成单位）。
第六名：厦门市妇幼保健院
厦门市妇幼保健院是集保健、医疗、教学、科研为一体的大型三级甲等妇幼保健院，积极引进各学科高端人才，努力加强学科建设，打造核心竞争力，形成一批在海峡西岸具有影响力的学科。在2020年中国医院科技量值妇产科学榜单中排名全国第66名，位居福建省第一；在艾力彼中国医院竞争力排行中入选“2020中国医院竞争力·妇幼医院50强”榜单；2020年全国三级公立医院绩效考核妇产科专科系列第11名。
第七名：复旦大学附属儿科医院厦门分院
复旦大学附属儿科医院厦门分院目前成为闽西南第一家达到国际新生儿救治评价体系的最高等级标准三级C，各项业务均平稳快速发展，已基本达到三级甲等儿童医院的规模和学科水平。艾力彼医院管理研究中心发布《2020年中国医院竞争力报告》中，医院继2019年再次进入“2020年全国儿童医院50强”并位居福建儿科类（儿童专科医院、妇幼保健院儿科）首位。
第八名：中国人民解放军第一七四医院
中国人民解放军第一七四医院是一所集医疗、教学、科研、保健、疗养为一体的三级甲等综合性军队医院，拥有厦门市重点专科1个、厦门市规划重点专科3个，其中烧伤整形科、泌尿外科等学科在本地区具有较大优势，另外开展的冠脉腔内成形及内支架术、体外循环心脏直视手术新业务、新技术疗效显著。
第九名：厦门市第三医院
厦门市第三医院，是集医疗、科研、教学、预防、保健为一体的综合性“三级乙等医院”、“省级文明医院”、“国家级爱婴医院”、“国际紧急救援网络医院”和“福建省道路交通伤员救治定点医院”。肿瘤科、心血管内科、神经内科、神经外科、妇产科、骨科为我院优势科室。形成了院外急救、院内抢救、急诊速救和监护治疗等综合配套的体系网络，其综合抢救、治疗实力在岛外处于领先地位，部分医疗项目达到省级医院水平。
第十名：厦门大学附属厦门眼科中心
厦门大学附属厦门眼科中心是集医疗、教学、科研、眼健康为一体的国家三级甲等眼科医院，2014年度中国医院科技影响力排行榜-眼科学排行进入前十，在国家卫计委发布全国医疗机构白内障复明手术例数排名中，获得中华医学会2013年消除白内障突出贡献奖。