焦作三甲医院有焦作市人民医院、焦作市第二人民医院、焦作市中医院等多家，其中焦作市人民医院拥有省市级重点学科29个，是焦作唯一的国家级住院医师规范化培训基地、全科医师培训基地；焦作市第二人民医院拥有市级研究所和专业委员会24个，是河南省癌症区域医疗中心建设单位；焦作市中医院拥有国家级名老中医、优秀中青年中医等拔尖人才，开设了28个特色中医专科门诊。
第一名：焦作市人民医院
焦作市人民医院是一所集医疗、教学、科研、急救、康复、预防、保健于一体的焦作市最大的综合性国家级“三级甲等”医院，拥有省市级重点学科29个。作为医改试点单位，焦作市人民医院是焦作唯一的国家级住院医师规范化培训基地、全科医师培训基地、河南省远程医学焦作市分中心。拥有1个省级医学重点培育学科、20个市级医学重点学科、8个市级医学重点培育学科。
第二名：焦作市第二人民医院
焦作市第二人民医院是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复于一体的国家综合性三级甲等医院，医疗质量和水平过硬，学科体系完备，人才梯队完善，软硬件设备齐全。共设有79个临床、医技科室，拥有省市级医学重点学科和培育学科29个、市级研究所和专业委员会24个、区域医疗中心2个、医学实验室5个、医学中心15个、河南省癌症区域医疗中心建设单位。
第三名：焦作市中医院
焦作市中医院是焦作市唯一一所集医疗、急救、保健、预防、科研为一体的国家三级甲等中医医院。拥有国家级名老中医、优秀中青年中医、研究生导师、硕士研究生等一批拔尖人才。开设13个临床科室，28个特色中医专科门诊，10个医技科室，其中脑病科为省级重点中医专科，骨伤科为市级重点医疗专科，康复科、不孕不育科为市级中医特色专科。
第四名：焦作市妇幼保健院
焦作市妇幼保健院是集妇幼保健、医疗、预防、教学、康复和科研为一体的三级甲等妇幼保健院。设有15个病区和34个门诊医技科室、拥有1个区域医疗中心、1个省级重点培育专科、1个省级重点中医专科、6个市级医学重点学科、3个市级重点培育学科、2个焦作市医学重点实验室。其产科为焦作市危重孕产妇救治中心、市级医学重点学科。
第五名：中国人民解放军第九十一医院
中国人民解放军第九十一医院是一所集医疗、科研、预防保健为一体的国家三甲综合医院，是全省第一家引进世界上最先进的256层极速CT；豫北地区唯一一家拥有全身伽玛刀的医院；全市第一家引进1.5T高场强核磁共振。精神病科为全军精神疾病防治研究所，心脏外科、神经外科、神经内科、骨科、心血管内科、普外科等为省市及济南军区重点建设学科。
第六名：中国人民解放军联勤保障部队第九八八医院（焦作医疗区）
中国人民解放军联勤保障部队第九八八医院（焦作医疗区）是河南省首家大型脑病专科医院——八一脑病医院，治疗重度脑外伤、脑中风（脑出血、脑梗塞）、各种颅脑肿瘤、颈动脉狭窄、顽固性精神病、癫痫外科治疗、各种原因昏迷、脑炎、帕金森等各种脑部疾病更专业、更有效、更快捷。对常见病、多发病的诊治积累了丰富的临床经验，特别是在急、重、危、疑难病症的诊治方面形成了突出的优势。
第七名：焦作煤业（集团）有限责任公司中央医院
焦作煤业（集团）有限责任公司中央医院已发展成为一所集医疗、急救、教学、科研、预防、保健等多功能于一体的现代化三级综合医院。医院的骨外科学、创伤外科学、脊柱外科学、神经外科学、泌尿外科学、心血管病学、神经病学、呼吸病学、眼科学、皮肤科学等十余个科室分别是河南省重点培育学科和焦作市重点专科，创伤急救技术居全国煤炭急救医疗专业前列，是国家安全生产监督总局矿山医疗救护中心省级分中心。