广州医科大学附属第二医院擅长心内科、胸外科、乳腺外科、新生儿科、 耳鼻咽喉科。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、心内科
是广东省卫生厅 “五个一科教兴医”工程重点专科，是国家药物临床试验基地、广州市重点学科。不仅擅长冠心病、高血压、心律失常、心力衰竭、心肌病、瓣膜病等常见病、多发病的诊断与治疗，在介入心脏病学、心血管危急重症的救治等方面也积累了丰富的临床经验。
2、胸外科
是广东省临床重点专科、硕士研究生培养点、住院医师规范化培训基地，具有国内一流的医疗技术和最先进的诊疗设备，在医、教、研等方面已达到国内外先进水平。微创胸腔镜手术及肺癌和食管癌的规范化综合治疗是本科室最具特色的项目，技术已达国内国际同行先进水平。
3、乳腺外科
是集外科手术、内科化疗、内分泌治疗、生物治疗以及放射治疗于一体的新型科室，同时兼具乳腺癌及乳腺良性疾病的普查、咨询、诊治、随访和保健服务。专注于各种乳腺疾患的诊疗，深究各种乳腺疾病最佳诊疗模式，在乳腺外科相关疾病的诊治方面积累了丰富的临床经验。
4、新生儿科
科室技术力量雄厚，拥有一批素质高、业务强、服务好的专业人员，在早产儿、极低、超低体重儿、新生儿危重症、新生儿疑难杂症以及新生儿围手术期处理等的诊疗方面具有较高的水平。在早产儿、极低出生体重儿临床管理、新生儿坏死性小肠结肠炎和持续肺动脉高压的诊治方面临床经验丰富。
5、 耳鼻咽喉科
是广州地区集临床医疗、教学、科研为一体的综合性专科示范基地，连续多年入选为省、市及广州医科大学重点专科建设行列，是广东省第一批“耳鼻咽喉科专科化医师培训基地”。擅长鼻内镜手术治疗鼻炎、慢性泪囊炎、脑脊液鼻漏、鼻腔鼻窦肿瘤等，以及在耳整形外科、耳神经外科手术方面积累了丰富的临床经验。