北京内分泌科比较好的医院排名是北京协和医院、中国人民解放军总医院、北京医院。北京协和医院的内分泌科是国家重点学科，也是全国内分泌学科中最完整、最全面的科室，称为内分泌学科的领头羊，稳居复旦专科榜内分泌科第二名。中国人民解放军总医院的内分泌科和北京医院的内分泌分别排第三位和第十位。
1、北京协和医院-内分泌科
该医院内分泌科参与多项国家级和北京市课题，曾获国家科技进步奖和卫生部科学技术进步奖，对推动中国内分泌发展起到重要作用。同时，该科室还参与中华内分泌学分会和糖尿病学分会、北京内分泌学会和糖尿病学会的领导工作。
2、中国人民解放军总医院-内分泌科
该医院内分泌科是国内最大的内分泌中心之一，拥有2个专科病房、内分泌科实验室、内分泌专科门诊和糖尿病教育中心。在各种内分泌代谢疾病的诊治方面居国内领先地位，尤其擅长诊治少见病和疑难病。在糖尿病各种并发症的发病机制研究和临床治疗方面均居国内前列。
3、北京医院-内分泌科
该医院内分泌科在国内较早开展内分泌相关激素的临床检测，近年来发展迅速，成为在北京和全国具有影响力的重要科室。该科在糖尿病、肾上腺疾病、甲状旁腺疾病的诊断和治疗方面有独到之处，诊疗技术达到国内先进水平，尤其在老年性内分泌疾病的诊治方面拥有非常丰富的临床经验。
4、北京大学第一医院-内分泌科
该医院内分泌内科长期开展内分泌代谢疾病的研究，对内分泌代谢疾病的诊断与治疗水平居国内领先地位。门诊及病房可对几乎全部内分泌及代谢专业的疾病进行诊断及治疗，包括垂体、肾上腺、甲状腺、甲状旁腺、性腺等以及代谢疾病等。
5、北京大学第三医院-内分泌科
该医院内分泌科设有内分泌病房、门诊、实验室和临床药理机构专业等单元。在胰岛b细胞病理生理学、干细胞分化、内分泌-生殖疾病等方面的研究处于国内领先地位，并在国际上有一定影响。