中国中医科学院西苑医院擅长的科室有心血管科、老年病科、血液病科、脾胃病科、肺病科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、心血管科
中国中医科学院西苑医院心血管科为国家成立最早的中医和中西医结合心血管病专科。50多年来，围绕冠心病、慢性心衰、高血压病、心律失常、血脂异常、动脉粥样硬化等进行防治研究，积淀了丰富的诊疗经验，形成了显著的特色。近年来，在继承总结老专家经验基础上，综合现代医学研究进展，针对冠心病心绞痛、心肌梗死（包括介入治疗后冠心病）、慢性心衰、顽固性高血压病等心血管常见重大疾病，不断优化临床诊疗路径，完善中西医诊疗方案。
2、老年病科
中国中医科学院西苑医院老年病科创建于1980年，是国内最早的中医老年病科室。建科之初就确定了将多发老年病、疑难病作为临床诊疗重点。以病种为重点的发展方向，经过多年的探索和经验积累，目前已形成了集诊断、治疗与康复为一体的三套治疗体系。即痴呆治疗体系、骨质疏松治疗体系和老年抑郁症治疗体系。建立了相应的诊疗规范和初步的临床疗效评价方法，优化出较系统的治疗案。
3、血液病科
中国中医科学院西苑医院血液科创建于1962年，同时创建血液病实验室。构成了由血液病病房、血液病实验室、血液病门诊组成了一个完整的集医疗、科研、教学一体的中西医结合血液病中心。运用中西医结合方法开展了各种血液病为主的治疗，疗效显著，居国内领先地位；血液科门诊设有普通门诊、专家门诊和特许门诊，为不同需求患者提供多种诊疗服务；血液病实验室8个功能实验室。
4、脾胃病科
中国中医科学院西苑医院脾胃病科是中国中医科学院西苑医院最早成立的内科专业科室之一，具有悠久的历史和深厚的学术积淀。自建科以来，传承并突出中医药特色，发挥中西医结合优势，在消化系统疾病的临床医疗、科研与教学等方面取得了卓越的成绩。
5、肺病科
中国中医科学院西苑医院肺病科创建于1970年，是国内最早建立的中西医结合呼吸病研究基地。肺病科已建成拥有独立的门诊、肺功能室、纤维支气管镜室、血气分析室、睡眠监测室和基础实验室的综合性呼吸病研究室，是卫生部中医呼吸病临床药理基地，先后被北京市卫生局和中国中医研究院确定为中西医结合呼吸病重点学科和呼吸病专科医疗中心。