甘肃省第二人民医院擅长的科室有骨科、妇产科、心内科、普外科、肿瘤综合科等。
1、骨科
甘肃省第二人民医院骨科成立于建院初期，已经历六十年风雨，分为关节外科、脊柱外科、创伤骨科、手足外科四个亚专业小组，其中创伤骨科为甘肃省重点学科。骨科为甘肃中医药大学骨伤科博士学位授予点、西北民族大学外科学硕士学位授予点。开具的手足外科是该省省级医院中唯一开展的手足亚专业，具有雄厚的技术力量和学术地位。
2、妇产科
甘肃省第二人民医院妇产科擅长妇科常见病的诊治，如阴道炎及盆腔炎的中西医诊疗方法、妇科内分泌的规范诊疗，并且具备了从围产保健、产前检查、胎儿监护到正常产及难产接生、剖宫产，以及高危孕产妇的救治能力，同时为了加强母婴安全工作的落实，成立了由一把手负责的院内产科安全管理办公室和产科急救小组。
3、心内科
甘肃省第二人民医院心内科成立50余年，年均收治病人2400余人、抢救急危重症病人400余例，年门诊量25000余人次。完成心脏起搏器、冠脉造影、冠脉介入等各类手术已累计5000余例。科室、个人多次受到省卫健委、医院表彰，多名医护参加全省、医院专业竞赛获一、二、三等奖及全省技术标兵。
4、普外科
甘肃省第二人民医院普外科始终坚持不懈地跟踪和追赶医疗科技创新，尽力运用前沿的高新技术和设备，为病人提供最优的医疗服务。在省内较早的购置腹腔镜以来，致力于微创医疗的推广、研究和发展，运用微创诊疗活动造福患者，取得了令人瞩目的成绩。
5、肿瘤综合科
甘肃省第二人民医院肿瘤综合科，目前拥有国内外最先进的省内首台GE-INNOVA3100平板血管造影机、菲利普大平板造影机、多极射频肿瘤消融仪等数字化先进设备。经皮椎体成形术及经皮椎体成形术联合射频消融术治疗椎体转移瘤、输卵管再通术、恶性肿瘤微创综合治疗为肿瘤科特色项目；科室开展的多项诊疗技术填补了省内及甘肃省第二人民医院空白，在省内处于领先水平。科室常年与省内、国内各大医院进行交流学习，为特色专科的建设和发展奠定了良好的基础。