北京医院擅长老年病科、内分泌科、风湿免疫科、放射科、康复医学科。学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，患者可根据自身情况选择对应科室就诊。
1、老年病科
位列复旦专科声誉排行榜第一，是医院重点学科、国家临床重点专科（老年病科）建设项目。科室打破单病种诊疗模式，采用以患者为中心，以共病管理、多重用药管理为核心的服务理念，强调多学科协作的诊疗模式，形成老年慢病管理、急病救治、老年功能维护的专科特色。
2、内分泌科
是北京大学医学部、协和医科大学博士学位授予点，在高干医疗保健、医疗、教学和科研等多方面取得了长足的进步，成为在北京和全国具有影响力的重要科室，且在国内较早地开展了内分泌相关激素的临床检测工作。
3、风湿免疫科
是一个医、教、研、高干保健为一体的综合性全面发展的科室，现已建设为拥有国内先进和最全面前沿的临床免疫检测和科研实验基地和平台。同时科室也是国家级风湿药物临床试验基地，完成和在研临床药物试验近30项，对风湿病诊治新药的研发做出了卓越贡献。
4、放射科
是北京医院影像中心的领头羊，作为北京医院的重点学科，拥有国家卫健委国家临床重点专科项目（医学影像科），是医疗、教学和科研相结合，集X线、CT、MRI检查和介入放射诊断治疗为一体的大型综合性临床检查科室。
5、康复医学科
是国内开展理疗与康复最早、规模大、设备全、技术力量强的康复医学科之一，主要从事物理治疗与各种功能障碍的康复。收治脑血管病、脊髓损伤、骨关节创伤等疾病急性期（6个月内）需要功能康复的患者。