昌吉医院排名靠前的是昌吉回族自治州人民医院、昌吉回族自治州中医医院、新疆昌吉市人民医院等。昌吉回族自治州人民医院为昌吉地区规模最大的三级甲等综合医院，部分重点学科和特色专科已达到昌吉州先进水平；昌吉回族自治州中医医院拥有一大批先进设备，荣获过自治区级“文明单位”等荣誉称号；新疆昌吉市人民医院开展的心脏外科手术、心脏介入治疗、肿瘤介入治疗等手术，填补了昌吉州空白。
第一名：昌吉回族自治州人民医院
昌吉回族自治州人民医院为昌吉地区规模最大的一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复、急救为一体的三级甲等综合医院。医院以重点学科为龙头带动该院专业技术水平的快速提升，先后确立了呼吸科、内分泌科等6个重点学科，目前这些重点学科和特色专科已达到昌吉州先进水平。
第二名：昌吉回族自治州中医医院
昌吉回族自治州中医医院是一所三级甲等中医医院，集医疗、预防保健、科研、教学、康复及中医药文化传播为一体。医院开设针灸科、康复科、骨伤科、眼科等临床科室，拥有一大批先进设备。先后荣获自治区级“文明单位”、“卫生系统思想政治工作先进单位”等荣誉称号。
第三名：新疆昌吉市人民医院
新疆昌吉市人民医院是集医疗、教学、科研、预防、保健、康复、急救为一体的三级甲等综合医院，为保障和增进昌吉州各族人民的健康做出了积极贡献。医院先后确立了呼吸科、内分泌科、妇科等6个重点学科，已达到昌吉州先进水平，开展的心脏外科手术、心脏介入治疗、肿瘤介入治疗等手术，填补了昌吉州空白。
第四名：新疆医科大学第一附属医院昌吉分院
新疆医科大学第一附属医院昌吉分院是一所非营利性综合性二级甲等医院，有3个市级重点学科（心血管内科专业、骨科专业和肝胆专业），1个州级高层次人才工作室，1个市级高层次人才工作室，1个州级重点人才项目。
第五名：阜康市中医院
阜康市中医院已成为阜康地区中医特色突出、优势明显、设施完备、管理规范、技术精湛、百姓信赖、政府满意的综合性二级甲等中医医院。医院针灸康复科被列为自治区农村医疗机构针灸理疗康复特色专科建设项目；心病脑病科被列为自治区农村医疗机构中医特色专科建设项目。