湖北省妇幼保健院擅长妇科、产科、儿童保健科、小儿外科、新生儿科。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、妇科
湖北省妇幼保健院妇科现已形成医、教、研一体化、结构合理、技术优势突出的湖北省三级医院重点专科，是中国医师协会妇科内分泌培训基地、中国妇幼保健协会妇科与内分泌培训基地等七个国家级和省级培训基地。科室业务覆盖妇科肿瘤、普通妇科、女性盆底、妇科内分泌、计划生育等妇科各亚专业学科，宫、腹腔镜、单孔及阴式手术在湖北处于领先地位。
2、产科
湖北省妇幼保健院产科是院内特色专科，国家级孕产妇保健示范专科、湖北省临床重点专科、首批全国妇产科住院医师规范化培训基地和国家级助产士规范化培训基地、湖北省五家危重孕产妇转运中心之一。科室诊疗技术力量雄厚，创建了”湖北省产前诊断中心”，为湖北省乃至周边省市的胎儿出生缺陷的筛查和防治，做出了卓有成效的工作。
3、儿童保健科
湖北省妇幼保健院儿童保健科是集保健、科研、教学、临床为一体的全国一流的儿童保健中心，硬软件综合实力均在全国前列。荣获全国“改善医疗服务示范科室”，是全国首批“国家级儿童早期发展示范基地”，为湖北省妇幼保健重点专科。科室坚持管理创新、业务创新及服务模式创新，探索出适合国情的儿童保健服务模式，专科建设得到了长足的发展，深受同行的认可和家长的欢迎，多项科研成果达到国际先进水平，并多次荣获省部级科研成果奖。
4、小儿外科
湖北省妇幼保健院小儿外科是武汉江南地区最大的儿童外科疾病治疗中心，目前已形成省内最齐全的小儿外科各亚专业组，为湖北省小儿外科重点专科。收治疾病涵盖全生命周期各类外科疾病，广泛开展小儿各专业微创手术及先天性心脏病各类手术及胎儿畸形的产前诊断、咨询及治疗。
5、新生儿科
湖北省妇幼保健院新生儿科是卫生部最早命名的“全国新生儿专业医师培训基地”，相继组建湖北省新生儿急救转运中心、湖北省新生儿急救医学临床研究中心、湖北省新生儿科医疗质量控制中心，被评为湖北省新生儿临床重点专科。其中与湖北省内及省外周边140余家医院建立危重新生儿转运协作关系，负责接收和转运危重新生儿，大大提高了区域内危重新生儿诊治水平及抢救成功率。
