上海嘉定医院有上海交通大学医学院附属瑞金医院、上海东方肝胆外科医院、上海市嘉定区南翔医院等多家。其中上海交通大学医学院附属瑞金医院在复旦版榜中排名第四，连续四次获全国文明单位称号，并获得全国五一劳动奖状、全国卫生系统先进集体等诸多荣誉；上海东方肝胆外科医院是以肝胆外科为特色的三级甲等综合医院，现为国家重点学科，国家级继续医学教育基地，全军肝胆外科专科中心。上海市嘉定区南翔医院的皮肤科为上海市医学重点专科，儿科和康复医学科为嘉定区重点扶持学科。
第一名：上海交通大学医学院附属瑞金医院
上海交通大学医学院附属瑞金医院是一所集医疗、教学、科研为一体的三级甲等综合性医院，有着百年的深厚底蕴。医院学科齐全、技术力量雄厚、特色专科突出，尤其在血液内科、心血管内科、肾脏内科和生殖医学等学科方面颇具特色。连续四次获全国文明单位称号，并获得全国五一劳动奖状、全国卫生系统先进集体等诸多荣誉。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第四。
第二名：上海东方肝胆外科医院
上海东方肝胆外科医院是以肝胆外科为特色的三级甲等综合医院，现为国家重点学科，国家级继续医学教育基地，全军肝胆外科专科中心，全军肝胆外科研究所，国家教育部和全军重点实验室，军队“重中之重”建设学科，上海市医学领先专业重点学科，上海市重中之重临床医学中心。医院长期坚持医、教、研相结合，在原发性肝癌的早期诊断和治疗，中晚期肝癌的综合治疗等方面均居国内外先进水平。
第三名：上海市嘉定区南翔医院
上海市嘉定区南翔医院，连续几年被授予“上海市文明单位”，连续被评为“嘉定区文明单位”、“上海市卫生系统文明单位”以及“巾帼文明岗”、“工人先锋号”等荣誉称号。皮肤科为上海市医学重点专科、儿科和康复医学科为嘉定区重点扶持学科、心内科为嘉定区重点社区项目。医院皮肤科开展的疑难杂症慢性湿疹和慢性荨麻疹独特治疗方法，以及儿科的哮喘专病治疗已成为医院的响亮品牌。
第四名：上海嘉定中医医院
上海嘉定中医医院是全国示范中医医院，上海市文明单位，并成为上海市中医药大学的临床教育基地。医院开设专家专科门诊39个，其中中医肿瘤科、肛肠科、儿科、肾病、消化科、外科、血液科、内分泌科、耳鼻咽喉科等专家在嘉定及临近县（区）有较高信誉度，其中中医肛肠科、中西医结合伤骨科、肿瘤科为医院的重点专科，并被列为区学科学术带头人。