莆田市第一医院擅长的科室有泌尿外科、妇产科、中医科、儿科、神经外科等。
1、泌尿外科
莆田市第一医院泌尿外科是莆田市泌尿外科带头学科。科室有前列腺、肿瘤、结石、男科等4个亚专业方向，医师们各有所长，并致力亚专业发展，不断开展新技术，不断提升泌尿外科的整体诊疗技术水平。泌尿外科拥有先进齐全的进口医疗设备，能充分满足各种腔镜微创手术。科室在市内率先开展了经尿道前列腺电切术，积累了丰富的手术经验。
2、妇产科
莆田市第一医院妇产科是莆田市临床重点专科，科室不断发展壮大，形成了亚专业齐全、技术力量雄厚、临床、教学、科研齐头并进的优秀团队，承担着本市妇科的医疗、教学、科研、急救、预防、康复等工作，技术水平和业务量均居全市前列，在保障妇女健康生活中发挥了重要作用。近些年来，科室致力于专科发展，目前较为成熟的亚专业有普通妇科、妇科内分泌、宫颈疾病、不孕不育与复发性流产、妇科肿瘤、盆底疾病和宫腔镜等。
3、中医科
莆田市第一医院中医科是“全国综合医院中医药示范单位”科室，市级中医肝病专业重点专科。科室配备中低频治疗仪、TDP灯、艾灸仪等精良设备，能提供具有传统特色的简、便、廉、验的中药饮片，同时开展针灸理疗、穴位敷贴(包含三伏贴、三九贴)、刮痧、拔罐及中医康复治疗等服务，能够灵活运用各种中医内治、外治法及现代医学对患者进行综合治疗，在各种常见病、多发病和疑难杂症的诊疗方面，积累了丰富的临床经验，疗效显著。
4、儿科
莆田市第一医院儿科已经成为了集保健、医疗、教学、科研、培训及技术指导于一体的非营利性三甲级等医院的综合学科，多年来为莆田地区儿童的健康保驾护航，并承担莆田各级医疗机构转诊救治工作。科室拥有先进的医疗设备，如高级长颈鹿、阿童木等早产儿培养箱等。积极开展儿童纤维支气管内镜诊疗、儿童消化内镜等项目，在新生儿疾病、慢性咳嗽、哮喘、重症肺炎、消化道疾病、肾病、过敏免疫疾病以及危重患儿抢救技术居市内领先水平。
5、神经外科
莆田市第一医院神经外科是国家级住院医师规范化培训外科专业基地，为莆田市医学会神经外科分会挂靠单位。近年来，科室承担省市级科研10余项，科室人员在SCI和CSCD级期刊上发表医学论文10余篇，并先后多次获得市科技进步二等奖及三等奖。科室能独立开展自发性脑出血、脊髓病变、颅内肿瘤、颅内血管性疾病及脑外伤的救治和手术，尤其对脑外伤及高血压脑出血的救治已形成独立体系。