上海儿童耳鼻喉科医院排名第一的医院是复旦大学附属儿科医院，需到耳鼻咽喉头颈外科就诊。复旦大学附属儿科医院耳鼻咽喉头颈外科设有普通门诊、专家门诊、专病特色门诊，并开展多项难度较高的技术项目。其他排名靠前的医院有上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心、上海市儿童医院等。上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心耳鼻喉口腔颌面外科开展多项国际先进技术，部分达到国际水平；上海市儿童医院耳鼻咽喉头颈外科是国内最早成立的小儿耳鼻咽喉专业科室之一。
第一名：复旦大学附属儿科医院-耳鼻咽喉头颈外科
复旦大学附属儿科医院耳鼻咽喉头颈外科除普通门诊及专家门诊外，还有“非综合征性耳聋”、“过敏性鼻炎”、“分泌性中耳炎”等专病特色门诊，可以满足患儿家长的不同需求。拥有上海市儿童听力障碍诊治中心和复旦大学附属儿科医院鼻-咽喉-气管内镜评估中心。可开展难度较高的技术项目有：鼻-鼻窦及鼻咽病变窥镜下微创手术包括功能性鼻内窥镜鼻-鼻窦手术、鼻窦球囊扩张术及支架植入等。
第二名：上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心-耳鼻喉口腔颌面外科
上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心耳鼻喉口腔颌面外科是全国小儿鼾症多中心研究组成员单位、新生儿听力筛查专家组单位、上海市首家儿童听力障碍诊治中心所在地及上海市人工耳蜗植入定点医院。听力中心开展多项国际先进技术，如咽鼓管球囊扩张术治疗复发性分泌性中耳炎、耳窥镜下鼓室成形术治疗胆脂瘤中耳炎等。最近开展的自体肋软骨移植治疗婴幼儿喉狭窄的手术达到了国际水平。
第三名：上海市儿童医院-耳鼻咽喉头颈外科
上海市儿童医院耳鼻咽喉头颈外科是国内最早成立的小儿耳鼻咽喉专业科室之一，为上海市儿童听力障碍诊治中心。科室拥有多导睡眠监测仪、电测听、声阻抗、耳声发射、脑干诱发电位、电子鼻咽喉镜、耳鼻咽喉图像处理系统、低温射频消融仪、鼻内窥镜及监视系统、耳鼻咽喉手术动力系统以及高端的手术显微镜等先进设备。在小儿睡眠呼吸障碍、头颈肿瘤以及口腔颌面部畸形手术治疗方面疗效优越。
第四名：复旦大学附属眼耳鼻喉科医院-耳鼻喉科
复旦大学附属眼耳鼻喉科医院耳鼻喉科是全球最大的耳鼻咽喉科疾病诊疗中心和临床研究中心之一，在各亚学科相关疾病的诊治水平上处于国内领先、国际先进水平。为了应对过敏性疾病的严重挑战，眼耳鼻喉科医院在耳鼻喉科内专门成立了独立的鼻变态反应科。该科专注于鼻炎、鼻窦炎和鼻息肉、儿童中耳炎、鼾症、咳嗽和哮喘、食物不耐受等过敏相关疾病的综合诊治，通过加强应用解剖学研究和开展创新性临床试验，简化并规范免疫治疗流程，广泛开展国内外学术合作和专题研讨，力图探索出一系列适用于中国患者的免疫治疗和外科治疗体系，提升过敏性鼻部疾病的诊疗水平，服务于全国各地的广大患者。
第五名：上海交通大学医学院附属第九人民医院-耳鼻咽喉头颈外科
上海交通大学医学院附属第九人民医院耳鼻咽喉头颈外科下设耳神经颅底外科、鼻及鼻畸形外科、咽喉头颈外科及听力中心等亚专业，核定床位120张，年手术量达3000台以上，是上海市耳鼻咽喉科学住院医师/专科医师规范化培训基地、国家药物临床试验基地、上海市人工耳蜗植入定点医院、上海市儿童听力障碍诊治中心。科室现有五个病区，分别是一病区耳神经颅底外科、二病区鼻和鼻畸形及综合外科、三病区咽喉-头颈外科（北部）、听力中心和耳科学研究所。
第六名：上海市第六人民医院-耳鼻咽喉头颈外科
上海交通大学附属第六人民医院耳鼻咽喉头颈外科，是国家临床重点专科、上海市“重中之重”重点学科，上海市睡眠呼吸疾病重点实验室、上海交通大学耳鼻咽喉科研究所。学科分设耳科、鼻科和咽喉头颈外科三个亚学科，附设上海市听力测试中心、鼾症诊治中心、上海交通大学眩晕疾病诊治中心。学科在2019年复旦大学医院管理研究所“最佳专科声誉排行榜”位列全国第七位；北京大学“中国最佳临床学科评估”排行榜位列全国第十位；中国医学科学院“医院科技影响力”专科科技影响力排行榜位列全国第八位。
第七名：上海交通大学医学院附属瑞金医院-耳鼻咽喉科
上海交通大学医学院附属瑞金医院的变态反应多学科门诊由呼吸与危重症医学科、皮肤科、五官科、儿科、心理科等多科室共同开展会诊工作，针对变态反应性疾病如哮喘、鼻炎鼻窦炎、皮炎、食物药物过敏、过敏导致的焦虑抑郁等疾病具有高发、多系统受累、慢性反复发作性的特点进行协同诊治。目前特异性免疫治疗、靶向药物的发展使变态反应性疾病有望通过综合的治疗得到多个器官病症的同时改善，不但能够切实解决患者的实际诊疗问题，更能够促进变态反应学科在临床、科研、学术等多个层面的共同进步和发展。
第八名：复旦大学附属华山医院-耳鼻咽喉头颈外科
复旦大学附属华山医院耳鼻咽喉头颈外科已先后获得国家自然科学基金、上海市科委、上海市卫生局课题多项，能够进行常规三级甲等医院的各种耳鼻咽喉头颈外科常规手术，能够开展鼻窦、中耳颅底交界性肿瘤的手术及下咽巨大肿瘤切除胃代食管等高难度手术。
第九名：上海交通大学医学院附属仁济医院-儿科
上海交通大学医学院附属仁济医院儿科医务人员临床经验丰富，涉及领域由原先单一的感染性疾病，先后扩展至儿童保健、血液、肾脏、心血管、消化、中西医结合、风湿免疫、变态反应疾病等不同亚专业。目前仁济儿科形成以儿童风湿和过敏为诊疗特色。