南京比较好的儿童医院排名第一是南京市儿童医院，该医院是江苏省小儿先天性心脏病诊疗中心、江苏省新生儿疾病诊疗中心，诊疗技术处于全国先进水平。另外，南京比较好的儿童医院还有南京医科大学第一附属医院儿科、南京鼓楼医院儿科，前者为“十一五”江苏省重点学科儿科学的重要组成部分，后者承担着儿科常见病多发病等疾病的临床诊疗工作。
第一名：南京市儿童医院
南京市儿童医院是一所集医疗、科研、教学、康复、保健为一体的三级甲等儿童医院，医院专科齐全，涵盖儿童医疗各个领域，是江苏省小儿先天性心脏病诊疗中心、江苏省新生儿疾病诊疗中心、江苏省医疗质量控制中心挂靠单位等，能够开展许多世界前沿的先进诊断、诊疗技术和高难度手术，形成独具特色的专科优势，处于全国先进水平。
第二名：南京医科大学第一附属医院-儿科
南京医科大学第一附属医院儿科是“十一五”江苏省重点学科儿科学的重要组成部分，设有新生儿、血液肿瘤、感染（呼吸，消化）、内分泌、心血管、风湿免疫等6个亚专业。其中新生儿科是省厅妇幼重点学科，小儿内分泌、感染专业是国家药物临床试验基地。科研方面也取得了显著成绩，承担着7项国家自然科学基金及省社会发展基金、1项教育部博导类博士点基金项目、3项省厅科研基金及2项省卫生厅重点人才项目。
第三名：南京鼓楼医院-儿科
南京鼓楼医院儿科是南京鼓楼医院的重要组成部分。科室承担着儿科常见病多发病等疾病的临床诊疗工作，其中儿童呼吸、肾脏、风湿免疫、内分泌和新生儿为科室特色。儿科拥有技术精湛的医护人员，设施齐全，技术力量雄厚，为每位患者提供一流的诊疗服务。
第四名：东南大学附属中大医院-儿科
东南大学附属中大医院儿科现为江苏省临床重点专科，江苏省巾帼示范岗，江苏省青年文明号。近年来，承担国家973课题，国家自然基金课题，省、部级及市级自然基金课题和社会发展基金课题多项，部分研究成果分别获教育部、江苏省政府、南京市政府及江苏省医学会成果二等、三等奖，江苏省科技进步引进一等奖。连续四年举办省继续医学教育项目“围产儿热点问题医学论坛”，收到良好效果。
第五名：东部战区总医院-儿科
东部战区总医院儿科现为全军儿童肾脏病创新研究基地与南总儿童肾脏病诊疗中心，是国内最早的儿童肾脏病专科之一，长期致力于小儿肾脏病的临床和科研，多次在国内首先报道发现罕见病例。科研课题与科技成果等方面均处于全国儿科同行的前列近10来获得全军医疗成果二等奖3项、中华中医药学会科学技术奖二等奖1项、中国中西医结合学会科技进步二等奖1项。
第六名：南京市第一医院-儿科
南京市第一医院儿科，设有普通门诊、隔离门诊、儿科专家门诊、儿童哮喘专科门诊、儿科急诊、儿科病房、儿科留观病房及儿科输液室，对儿童各个系统常见病及疑难杂症有较高的诊治水平。同时承担着南京医科大学本科生及研究生、留学生的教学；每年发表核心期刊的论文数十篇。承担省级科研多项。
第七名：江苏省中西医结合医院-儿科
江苏省中西医结合医院的儿科，人员结构合理，技术精湛。擅长小儿消化、呼吸、神经、泌尿、血液、循环等系统的诊断、治疗。对儿童哮喘、反复呼吸道感染、癫痫、抽动症、反复腹痛（包括胃炎）、慢性、迁延性腹泻等疾病及疑难杂症采用独特的中西医结合疗法进行治疗，疗效确切。
第八名：南京医科大学附属江宁医院-儿科
南京医科大学附属江宁医院儿科，可开展机械辅助排痰、雾化吸入、肺功能检测、一氧化氮呼出气检测、儿童发育行为评估及脑电图、纤维支气管镜、胃镜检查等。对小儿呼吸、消化、神经、风湿免疫、肾脏、内分泌、骨科、发育行为及儿童营养代谢疾病等各系统疾病的诊治具有丰富的临床经验及理论研究。特别是对各种类型肺炎、哮喘、脱水、惊厥、休克、中毒等急重症的诊治技术全面，具有较强的救治能力。
第九名：南京医科大学附属逸夫医院-儿科
南京医科大学附属逸夫医院儿科，对肾脏疾病诊治具有丰富的临床经验及理论研究。在儿童肾病综合征、肾衰竭、溶血尿毒综合征、间质性肾炎、肾性佝偻病、狼疮性肾炎、紫癜性肾炎等各种肾脏疾病的临床诊断及治疗方面，尤其在疑难和难治性肾脏疾病的救治方面有着丰富的经验。目前已重点收治来自全国各地的急、慢性及疑难重症肾脏疾病患儿。儿童常见病，多发病和肾病患儿分别收治，以避免交叉感染。