苏州大学附属第二医院擅长神经内科、骨外科、泌尿外科、神经外科、妇产科。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、神经内科
苏州大学附属第二医院神经内科，是江苏省医学重点学科、江苏省临床重点专科、江苏省重大神经精神疾病诊疗技术研究重点实验室、江苏省优秀医学创新团队。开设了帕金森病、脑血管病、睡眠障碍、头痛、记忆障碍和神经心理等专病门诊，在帕金森病、脑血管病、睡眠障碍、A型肉毒毒素的基础和临床科研处于国内、省内先进水平，与国内外多家重点实验室建立了良好的合作。
2、骨外科
苏州大学附属第二医院骨外科，已发展成为苏州市、江苏省、核工业部(级)（现为核工业集团公司）临床重点专科和国家教育部重点学科。2005年率先在苏州开展骨科亚专业化建设，已建设成脊柱、关节、手足和创伤等专业组，涵盖骨科的各个领域，完成对创伤、畸形、肿瘤、退变等多种疾病的诊治。
3、泌尿外科
苏州大学附属第二医院泌尿外科是江苏省临床重点专科，科室承担泌尿外科及男科疾病的临床诊疗工作，在泌尿生殖系统肿瘤、泌尿系结石、肾上腺疾病、女性泌尿外科及男性生殖系统疾病的诊治方面形成了自己的专业特色。常规开展膀胱癌的经尿道膀胱肿瘤的电切、绿激光汽化术、全膀胱切除术、肠代膀胱术、原位新膀胱术。在男性勃起功能障碍、男性不育、男性生育力保存等方面形成规范的诊疗体系。
4、神经外科
苏州大学附属第二医院神经外科，是江苏省医学重点学科、临床重点专科。设脑肿瘤、脑血管病、颅脑创伤与重症、脊柱脊髓疾病、功能性疾病、颅底与内镜、神经康复等亚专业，可全面开展脑肿瘤、脑血管病、颅脑损伤、神经重症、脊髓脊柱疾病，以及三叉神经痛、面肌痉挛、帕金森病等功能神经外科的临床诊治。
5、妇产科
苏州大学附属第二医院妇产科是江苏省临床重点专科、苏州大学硕士生培养点。在宫、腹腔镜或两者联合下进行各种子宫内膜疾病、宫腔病变、不孕症、异位妊娠、附件肿瘤、子宫肌瘤等的诊治、腹腔镜辅助下阴式子宫切除术，腹腔镜下次全子宫切除、全子宫切除术均处于苏州市领先水平。广泛开展宫颈癌、子宫内膜癌，卵巢癌手术等妇科恶性肿瘤高难度手术。
