华中科技大学同济医学院附属同济医院擅长妇产科、泌尿外科、呼吸内科、小儿外科以及感染科，均为国家临床重点专科，具有丰富的检验、治疗经验。
1、妇产科
由我国已故妇产科学先驱、国家一级教授金问淇先生创建，是第一批三个国家级妇产科重点学科之一。下设普通妇科与围产医学科。其普通妇科已成为我国中南地区的医学治疗中心，也是高水平的技术创新与引进辐射基地。
2、泌尿外科
发明世界首款易操控高清一次性双通道输尿管软镜。在国内较早开展完全机器人辅助腹腔镜下肾根治性切除+下腔静脉瘤栓取出术等，现机器人手术量位居国内前列，在国内处于领先地位。
3、呼吸内科
2021年度中国医院专科综合排行榜（复旦版）排名第八。对睡眠呼吸暂停综合征的诊断和治疗，以及各种常见或少见的间质性肺病诊断治疗及临床研究，国内居先进水平。
4、小儿外科
是我国除北京、上海外最早在全国性综合性教学医院成立小儿外科专业的第三家医院。在对小儿慢性顽固性便秘、先天性巨结肠、巨结肠同源性疾病的研究和诊治方面处国内领先水平，并设有全国唯一的巨结肠门诊。
5、感染科
是首批卫生部感染病学国家临床重点专科，是国家重大公共卫生事件医学中心的核心成员，在本学科某些领域发挥立足中部、带动全国、影响国际的作用。
除上述科室外，医院的放射科、普通外科、老年医学科、康复医学科、生殖医学科、变态反应科也具有较强的专业实力，科室内设备先进，诊治经验丰富，患者可根据自身情况选择合适的科室就诊。
