北京治疗甲状腺结节比较好的中医院是中国中医科学院西苑医院、中国中医科学院广安门医院和中国中医科学院广安门医院南区，需就诊于内分泌科。中国中医科学院西苑医院内分泌科为北京市中医药管理局内分泌专业重点专科，在甲状腺疾病、等内分泌代谢疾病的中医药治疗方面积累了丰富的临床经验。中国中医科学院广安门医院的内分泌科在甲状腺疾病、肥胖与代谢综合征等领域处于领先地位；中国中医科学院广安门医院南区内分泌科是国家中医药管理局“十一五”国家级重点专科。
第一名：中国中医科学院西苑医院-内分泌科
中国中医科学院西苑医院的内分泌科为北京市中医药管理局内分泌专业重点专科，并被中华医学会糖尿病分会授予“糖尿病教育管理单位”。在糖尿病及其慢性并发症、甲状腺疾病、肥胖等内分泌代谢疾病及妇科、内科杂病的中医药治疗方面积累了丰富的临床经验。并研制出了“降糖消脂胶囊”，“温肾通络栓”等院内制剂，具有较好的疗效，并获国内及国际专利三项。
第二名：中国中医科学院广安门医院-内分泌科
中国中医科学院广安门医院的内分泌科，已发展为集医疗、科研、教育、护理为一体，国内外享有盛誉的国家重点中医内分泌专科、中医内分泌重点学科。在中医药防治糖尿病及其并发症、甲状腺疾病、肥胖与代谢综合征等领域均处于领先地位。研制出降糖甲片、渴乐宁胶囊、糖敏灵丸、糖微康胶囊等新药，疗效确切，深受患者认可，享誉国内外。
第三名：中国中医科学院广安门医院南区-内分泌科
中国中医科学院广安门医院南区内分泌科，是国家中医药管理局“十一五”国家级重点专科、大兴区重点学科建设单位，拥有胰岛素泵、动态血压监测、多普勒血流探测仪及肌电图与诱发电位仪等先进医疗设备。治疗的主要病种包括糖尿病及其并发症、甲状腺疾病、肥胖等。牵头6项科研课题，其中市级课题1项，区级课题3余项，近年来共发表核心期刊6篇。
第四名：首都医科大学附属北京中医医院-内分泌科
首都医科大学附属北京中医医院的内分泌科，以发挥中医治疗糖尿病及各种急慢性并发症（包括糖尿病酮症酸中毒、糖尿病大血管病变、糖尿病周围神经病变、糖尿病肾病等）、甲状腺疾病（包括甲亢、甲减、甲状腺结节、桥本甲状腺炎、亚急性甲状腺炎等）、骨质疏松症、女性更年期综合征等内分泌代谢病的特色优势，结合现代医学最新技术。
第五名：北京中医药大学东直门医院-中医科
北京中医药大学东直门医院是首批国家大型综合性三级甲等中医医院和国家示范中医医院，是世界卫生组织中医适宜技术项目培训基地和国家级中医学实验教学示范中心。同时还是国家“211工程”、“985工程”优势学科创新平。医院在中医临床科研前沿创造了突出业绩，在业界享有盛誉。收治病种包括糖尿病、甲状腺疾病、肥胖等。
第六名：北京中医药大学东方医院-内分泌科
北京中医药大学东方医院内分泌科，是国家级重点学科，北京市重点专科，科室以中医药为主，在中西结合治疗甲状腺功能亢进症、甲状腺功能减退症、桥本氏病、亚急性甲状腺炎、结节性甲状腺肿、骨质疏松症、高脂血症、痛风、肥胖症等方面已形成了鲜明的特色。
第七名：北京协和医院-中医科
北京协和医院中医科为全国综合性医院中医药示范单位、国家中医药管理局“十二五”中医药重点学科建设单位、国家临床重点专科（中医内分泌）建设项目单位。设有多个专业组，在治疗糖尿病、甲状腺结节、肝病等方面积累了丰富的经验。科室在2017年中国医院影响力专业排行榜的中医科专业位于全国第二名。
第八名：中国人民解放军总医院-中医科
中国人民解放军总医院中医科为全国综合医院中医药工作示范单位。开设专家门诊、普通门诊等，主要诊治老年病、肿瘤、甲状腺疾病、心脑血管疾病、呼吸系统疾病、消化系统疾病等，其特色鲜明、疗效卓著。
第九名：北京大学第三医院-中医科
北京大学第三医院中医科是全国综合医院示范中医科建设单位。科室通过加强中医特色专病建设，突出中医药在优势病种和环节上的作用。经过六十余年的发展，已建立中医药介入辅助生殖、不孕不育、月经病、甲状腺疾病、乳腺疾病、慢性胃炎、类风湿性关节炎、肿瘤、慢性阻塞性肺病、中医情绪管理、中医美容专台及慢性病管理等专病专台。