锡林郭勒盟蒙医医院擅长骨科、心脏病科、脑病科、脾胃病科、耳鼻咽喉科等。
1、骨科
锡林郭勒盟蒙医医院骨科，前身为骨伤科，是以蒙医药为主、蒙西医结合的集临床、教学、科研为一体的临床科室。历经多年的不懈努力及经验积累，已成为一个实力雄厚、诊疗经验丰富的临床一线科室。2015年被评为内蒙古自治区蒙医特色优势重点专科。主要诊治范围为：四肢、脊柱及骨盆等各部位骨折、关节脱位；腰椎间盘突出症、腰椎管狭窄症、腰椎滑脱、颈椎病等脊柱退变性疾病；骨性关节炎、痛风、骨折及人工关节置换术后康复等。
2、心脏病科
锡林郭勒盟蒙医医院心脏病科是自治区特色优势重点专科，正在创建自治区领先学科及国家级重点专科，是以蒙西医结合为主，临床、科研、教学、预防、康复、蒙医优质服务为一体的临床学科。专家们运用疗效显着、毒副作用少、价格低廉、纯天然蒙药材自制的蒙药和传统疗术方法进行辨证论治的同时采取现代医学先进的诊疗技术为辅助诊治措施，擅长治疗冠心病（心刺痛）、心律失常（心悸症）、高血压（黑脉病）等优势病种。
3、脑病科
锡林郭勒盟蒙医医院脑病科是以蒙医特色为主、结合现代医学，是临床、教学、科研为一体的临床科室。2012年经锡盟卫生局批准成为盟级重点专科、2015年经内蒙古卫生厅批准成为内蒙古自治区重点专科。现已开展脑血管介入检查、脑血管介入支架治疗等高端治疗。科室对癫痫、高血压脑病、头痛、眩晕症、睡眠障碍、周围神经疾病、面神经炎、风湿及类风湿疾病能够系统诊治。
4、脾胃病科
锡林郭勒盟蒙医医院脾胃病科是内蒙古自治区蒙医特色优势重点专科，科室以慢性肝病、功能性胃肠疾病和胃肠动力障碍性疾病以及炎症性肠病为主要研究方向，以蒙西医结合为特色，先后承担“重大新药创制”科技重大专项“十二五”实施计划课题、国家“十ー五”科技支撑计划常见病课题、国家自然科学基金项目、卫生公益性行业科研专项课题等国家和省部级课题。
5、耳鼻咽喉科
锡林郭勒盟蒙医医院耳鼻咽喉科，是一个集医疗、教学、预防、康复于一体的综合性临床科室。科室拥有一支技术精湛、作风严谨、责任心强，团结协作、勇于创新、高素质的医疗队伍。科室擅长耳鼻咽喉科常见病，多发病及疑难病的检查、诊断及治疗，另外蒙医治疗也有较好成效。
