中国人民解放军总医院第六医学中心擅长的科室有高压氧科、神经外科、耳鼻喉咽喉头颈外科、眼科等。
1、高压氧科
中国人民解放军总医院第六医学中心高压氧科是国家临床重点专科，科室始终坚持以医疗为重点，军用与民用结合，临床与科研结合，紧追潜水医学和军事医学发展前沿，积极开展国际国内合作，引领国内高压氧医学的发展潮流。同时还担负神舟五号至神舟十号的航天员训练保障，以及神舟飞船发射和返回着陆的医疗保障任务。目前是中华医学会高压氧医学分会副主任委员及全军神经内科委员会高压氧学组组长单位。
2、神经外科
中国人民解放军总医院第六医学中心神经外科是海军卫生系统首个全军性研究所及院中院，现已发展成为集临床、科研、教学于一体的现代化综合性神经外科医院。是北京脑胶质瘤研究病研究中心、中国医师协会神经创伤救治培训基地、军队医院研究型学科建设示范单位。自成立以来累计获得国家及军队各种科技成果奖30余项。
3、耳鼻喉咽喉头颈外科
中国人民解放军总医院第六医学中心耳鼻喉咽喉头颈外科是国家临床重点专科，是当时国内、军内为数不多的专科之一。2003年中心建立了博士研究生培养点，2004年批准为博士后科研工作站，2006年成为北京市耳鼻咽喉专科医师培训基地，2007年成为国家卫生部内镜诊疗技术培训基地，2009年成为国家药物临床试验机构。现为国家卫生部“为贫困聋儿人工耳蜗抢救性康复项目定点手术医院”。
4、眼科
中国人民解放军总医院第六医学中心眼科是国家临床重点专科，由门诊、病区、准分子激光屈光不正治疗研究中心、北京斜视弱视专家会诊中心、配镜中心组成，拥有国内一流的诊断和治疗设备。眼显微外科手术是海军总医院眼科的特色项目，其中白内障超声乳化联合人工晶状体植入术、玻璃体切割术和准分子激光角膜屈光成形术是现代眼科显微外科手术的三大技术。已经开展的还有视网膜脱离手术、眼整形美容手术、抗青光眼手术、眼底疾病的高压氧仓治疗等。
