云南小儿神经内科医院排名靠前的是昆明市儿童医院神经内科、昆明医科大学第一附属医院儿科、昆明医科大学第二附属医院儿科等。昆明市儿童医院神经内科是省内最早成立的小儿神经内科专业，也是当时国内为数不多的几家小儿神经内科专业之一，对各类小儿神经系统疾病的临床诊疗研究总体水平居省内领先地位；昆明医科大学第一附属医院儿科是云南省卫生厅授予的云南省儿科唯一重点学科，设有神经亚专业，依托云南省儿童神经研究实验室开展诊疗与研究，小儿神经系统疾病诊治水平处于省内领先或先进地位；昆明医科大学第二附属医院儿科下设神经专业组，开设小儿癫痫、多动症特色专科门诊，自身免疫性脑炎、癫痫等疾病的救治及规范治疗受到患者家属一致好评。
1、昆明市儿童医院 神经内科
该科室成立于上世纪六十年代，是省内最早成立的小儿神经内科专业，也是当时国内为数不多的几家小儿神经内科专业之一，已建成由神经专科门诊、神经科病房、神经电生理中心、神经康复中心组成，集医疗、科研、教学为一体的完整专业体系。科室拥有结构合理的高中初级专业技术队伍，所有人员均经过专业学习及专科培训，设备配置先进、技术力量雄厚。科室对癫痫、热性惊厥、颅内感染、脑性瘫痪、神经系统免疫性疾病等疾病的临床诊疗研究总体水平居省内领先地位，开展的小儿长程视频脑电图同步多导生理参数监测、肌电图检测及系统性研究居省内先进水平。科室现有昆明市儿童医院学术技术带头人1名，该带头人从事小儿神经疾病临床、教学、科研工作20年，发表学术论文10余篇，出版学术论著1部，主持在研课题2项。
2、昆明医科大学第一附属医院 儿科
该科室创建于1946年，1998年被云南省卫生厅授予云南省儿科唯一的重点学科，是云南省首家儿科硕士学位和博士学位授予点、云南省儿童医学中心、云南省儿科疾病诊疗质量控制中心，设有独立神经亚专业，依托云南省儿童神经研究实验室开展相关诊疗与研究工作。科室小儿神经系统疾病诊治水平处于省内领先或先进地位，年门诊接诊患儿近89000人次，年出院人数约5500人次，危重患儿抢救成功率达98.9%。近五年科室发表核心期刊论文40余篇、SCI收录论文6篇，获省级科研成果二等奖2项、三等奖4项。
3、昆明医科大学第二附属医院 儿科
该科室始建于1957年，是昆明医科大学儿科学硕士学位授权点、国家级儿童呼吸药物临床实验基地、云南省儿科及新生儿重点专科、云南省危重新生儿救治中心，下设神经专业组，开设小儿癫痫、多动症特色专科门诊。科室可规范开展自身免疫性脑炎、癫痫等神经系统疾病的救治，相关诊疗效果受到患者家属一致好评，年收治病人4000余人，年门诊、急诊量近10万人次。近年科室共发表论文70余篇，获国家自然基金资助1项、云南省科技进步二等奖1项、三等奖4项，目前主持各级在研课题9项。
4、云南省第一人民医院 儿科
该科室创建于1952年，是云南省内专业设备齐全、技术力量雄厚，具有重要学术地位和影响力的临床科室，承担省内儿科常见及疑难病诊治、教学、科研、危重病急救、基层医护人员培训等任务，设有神经专业亚专科。科室神经专业由留德归国博士后及2位经验丰富的副主任医师牵头负责，对儿童疑难神经系统疾病的诊治水平属省内领先，可开展小儿智力发育评估及脑瘫康复训练、动态EEG监护等技术，年门诊量7～8万人次，年出院病人3000余人次。近年科室承担科研课题2项，每年在儿科学核心期刊发表论文10余篇。
5、云南省妇幼保健院 儿科
该科室是全国百家“优秀爱婴医院”核心配套科室之一，获中华医学会“儿童哮喘标准化门诊”授牌，被云南省卫健委评为“优质护理示范病区”，承担昆明医科大学海源学院理论教学及实习带教、大理医学院医护实习基地教学任务。科室配备国际国内先进的心电监护仪、肺功能仪等诊疗设备。科室可开展中枢神经系统、呼吸系统等儿科常见病、多发病及急危重症诊疗，实行24小时值班制度和节假日专家门诊制度，还可提供中药穴位贴敷、小儿推拿等特色诊治服务。
