梧州市中医医院擅长的科室有针灸推拿科、儿科、肿瘤科、急诊科、骨伤科等。
1、针灸推拿科
梧州市中医医院针灸推拿科开展推拿、针灸、中药烫熨、远红外线治疗、牵引、姜灸、雷火灸、拔罐等业务。拥有多功能牵引床、数码中频经络治疗仪、磁振治疗仪、电针治疗仪、偏振光疼痛治疗仪等医疗设备。治疗项目：腰椎间盘突出症、颈椎病、坐骨神经痛、颈臂综合征、膝关节炎、肩周炎、类风湿性关节炎、胸椎小关节紊乱、网球肘、中风后遗症、周围性面神经麻痹、面肌痉挛、头痛、头晕、三叉神经痛、神经衰弱等。
2、儿科
梧州市中医医院儿科分为儿科一病区和儿科二病区。儿科一病区是自治区级重点专科在建单位。在小儿疳积、厌食、胎黄、泄泻、婴儿黄疸、慢性咳喘、鼻渊、遗尿、汗证、口疮病、春温病等疾病的中医治疗方面疗效独特。并开展穴位贴敷、中药灌肠、中药外洗、三伏天灸、手指点穴、挑治、捏脊、艾灸等多项中医特色治疗项目。儿二科开展小儿脑病、肺、脾、肾、心理行为等康复治疗及中西联合治疗儿科常见病、多发病及疑难病等。
3、肿瘤科
梧州市中医院肿瘤科在采用微创技术与中西结合等综合手段治疗肺癌、肝癌、大肠癌、胃癌、鼻咽癌、食道癌、乳腺癌、甲状腺癌、卵巢癌、宫颈癌、恶性淋巴瘤等恶性肿瘤方面有丰富的临床经验；对肿瘤康复（手术后、放疗后、化疗后）的治疗上，通过中医辨证后予以包括内服、外用中药、静脉滴注抗肿瘤中成药、中药直肠滴注、经络针灸等尤为突出中医特色。
4、急诊科
梧州市中医医院急诊科是国家重点专科协作组成员单位。配备有心肺复苏仪、腹部提压复苏仪、洗胃机、中央监护系统、呼吸机(有创和无创)、心电图机等各种急救设备，能进行院外(前)急救、院内急诊患者的临观、留观及各种急危重症(急性中毒、急性心衰、恶性心律失常、急性呼衰、急性肾衰、DIC、糖尿病酮症酸中毒、MODS)的救治。
5、骨伤科
梧州市中医医院骨伤科是广西壮族自治区重点专科建设单位，是梧州市规模最大的骨伤疾病诊疗中心，也是桂东乃至粤西地区内最大的诊治骨与关节损伤的专业骨科。科室还是市内唯一具备开展膝关节置换手术资格的科室，尤其是人工膝关节转换、关节镜微创等手术达到国内先进水平，填补了医院以及梧州市的多项技术空白。胸腰椎骨折经皮微创内固定术、银质针治疗腰椎间盘突出症等技术达区内先进水平。