江南大学附属医院擅长的科室有消化内科、胸心外科、整形外科、妇科、肿瘤科等。
1、消化内科
江南大学附属医院消化内科是江苏省中医药重点学科建设单位，拥有省内一流的现代化消化内镜中心，在市内率先开设胃肠道肿瘤的内镜早期诊断、早期微创治疗专家专科门诊，进行门诊肿瘤体检筛查宣传。在消化道肿瘤的内镜早期诊断、早期微创治疗方面独具特色，具有明显的优势。在专业技术项目上，治疗内镜、超声内镜、无痛内镜、多镜联合等也处在市内、省内处于领先水平。
2、胸心外科
江南大学附属医院胸心外科，是省级临床重点专科，由心胸外一科和心胸外二科构成。心胸外一科省内率先开展体外循环心内直视手术，苏南地区率先开展微创右腋下小切口先天性心脏病矫治术、婴幼儿法鲁氏四联症等；心胸外二科已形成了以微创冠状动脉外科、婴幼儿先心病外科及食管癌、贲门癌、肺癌的综合治疗为主要特色的心胸外科中心，其胸部肿瘤手术数量居全市前列。
3、整形外科
江南大学附属医院整形外科开设瘢痕专病、腋臭专病及激光美容专病等多个特色门诊，重点开展整形修复和医学整形美容工作。整形美容专科以国内领先技术和一流设备提升锡城整形及美容医疗服务水平，造福民众。专科特色包括各种美容整形手术、嫩皮、祛斑、脱毛、除皱等各类激光手术等。
4、妇科
江南大学附属医院妇科为市级临床重点专科。科室拥有进口腹腔镜、气腹机、摄录像及监视系统、光源系统、宫腔镜、膨宫机、阴道镜、射频治疗仪、电脑治疗仪、LEEP刀等先进仪器，擅长诊治子宫内膜异位症、子宫脱垂、功血、子宫肌瘤、卵巢肿瘤、盆腔炎、不孕症、尿失禁、宫颈疾病、性病及妇科恶性肿瘤等。
5、肿瘤科
江南大学附属医院肿瘤科，是江苏省十三五医学重点学科，主要负责对肿瘤病人制定诊断和治疗计划，实施全身治疗，随访病人。在恶性淋巴瘤、肺癌、乳腺癌、消化道肿瘤、多发性骨髓瘤、骨及软组织肿瘤、头颈部癌的诊断和治疗方面有丰富的临床经验，特别是对晚期肿瘤的并发症处理和治疗中的毒副反应的防治有独到之处。
