泉州市中医院擅长的科室有妇科、针灸科、肾病科、脑病科、肛肠科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、妇科
泉州市中医院妇科，中医特色和优势突出，已成为集医疗、科研、教学于一体，具有中医妇科专科领先水平的科室，在福建省中医妇科系列中位于较前列的地位。以专病带动专科，充分发挥中医特色与优势治疗妇科常见病、多发病。科室在继承与发扬中医妇科独特的专科特色和优势的同时，还兼收并蓄国内外妇科新技术、新项目，开展宫腹腔镜诊疗技术治疗宫外孕等多种妇科疾病，疗效显著。
2、针灸科
泉州市中医院针灸科是泉州市成立最早、规模最大和开展项目最齐全的综合性针灸专科之一，为福建省卫生厅第一批中医重点专科。多年来科室坚持中医临床思维，按中医临床路径治疗，体现中医辨证论治的理法方药一条线，突出中医针灸的特色疗法，在辨证施针中充分发挥针灸优势，用行之有效的疗法，治疗颈椎病、腰椎病、肩周炎、哮喘等疑难杂症，取得良效。
3、肾病科
泉州市中医院肾病科是泉州市重点专科建设单位。充分发挥中西医结合治疗肾脏病的优势，以肾脏病理为基础，科学地指导临床治疗水肿、淋证、腰痛、癃闭、关格、咳喘病等中医疾病，取得满意的疗效。治疗肾病综合征的“三期分阶段”的中西医结合治疗方法，使肾病综合征达到省内领先水平。治疗慢性肾衰竭方面采用中药内服、中药保留灌肠、中药熏洗，多种方法相结合及个体化治疗，临床疗效显著，治疗水平达省内前列。
4、脑病科
泉州市中医院脑病科发挥传统中医中药优势，积极开展新技术、新疗法，探索和总结心脑血管疾病的有效治疗方法。中风病是该科的长期重点研究方向，在中风病的预防、诊断、治疗、康复等方面进行系统的研究并获得了较好的临床疗效。同时发挥中医特色，开展早期康复、针灸、穴位注射等疗法，效果显著，降低了中风病的致残率、复发率和死亡率，明显提高了患者的生存质量，目前中风病的临床疗效在国内处于先进水平。
5、肛肠科
泉州市中医院肛肠科是市唯一省、市级中医肛肠重点专科，是处于省内领先水平的中医肛肠重点专科。在福建省内率先开展了具有国际先进水平的痔疮微创手术——吻合器痔上黏膜环切术(PPH术)、开环式微创肛肠吻合术(TST)，并在此基础上首创了嵌顿痔三联疗法。在临床上广泛应用中医中药及中西医结合方法治疗混合痔、肛窦炎、肛门湿疹、便秘、溃疡性结直肠炎等各种复杂性、疑难性肛肠疾病，治愈率及好转率达99.5％。