上海交通大学医学院附属新华医院擅长小儿内科、小儿普外科、急诊科、精神科、耳鼻喉科。科室医疗、教学和科研工作量及技术力量居地区甚至全国前列。
1、小儿内科
学科门类齐全，医、教、研各方面成绩斐然，是国家重点建设学科和上海市重点学科。开展了心导管技术、支气管镜、肺功能等多项技术，专业技术应用经验丰富。是全国最早建立ICU病房的儿科单位，重危病人抢救成功率在95%以上。
2、小儿普外科
是我国小儿外科专业的起点，是国家临床重点专科、国家重点学科及上海市重点学科儿科学的重要组成部分，是上海市唯一一所小儿外科畸形诊治的临床医学中心。现已经站在了国际小儿外科发展的顶端，在新生儿畸形疾病的早期干预、疑难复杂畸形疾病的诊治等领域的基础及临床形成自己的专业优势和特色，始终保持国内领先地位。
3、急诊科
是国家临床重点专科，是国内成立最早的急诊医学科之一，是国内最早建立胸痛中心及卒中中心的医院之一（目前卒中中心已经升级为国家高级卒中中心），承担了上海市东北部的危重病患者就诊工作，也承担了华东地区危重患者的救治，年均急诊人数24万人次，抢救危重患者近4万人次。
4、精神科
是上海交通大学医学院心境障碍诊治中心、注意缺陷多动障碍诊治中心成员。病种以综合医院中的心理咨询、轻度和中度心理精神障碍为主，对从婴幼儿到儿童青少年的心理行为问题和精神障碍积累了丰富的经验。
5、耳鼻喉科
在专业领域综合实力全国排名稳居前十位，是国家临床重点专科、上海市重中之重临床重点学科。年手术量达5000台，年门诊量逾20万人次。科室在保持传统业务范围的基础上，积极开拓新的领域，确立了以耳显微耳神经侧颅底外科、人工耳蜗植入等，带动耳鼻咽喉科其他亚专业共同发展的格局。
