中国人民解放军第八十九医院擅长呼吸内科、内分泌科、耳鼻咽喉科、消化内科、神经内科。上述科室实力雄厚，能够为常见和疑难罕见疾病患者提供高质量的诊疗服务。
1、呼吸内科
在呼吸内科常见病如支气管哮喘、慢性阻塞性肺疾病、肺心病、肺癌等方面的诊断与治疗上积累了丰富的经验，对病人能够做到早诊断、早治疗，受到了病人及家属广泛好评。
2、内分泌科
科室专业技术力量雄厚，在治疗甲状腺、糖尿病、风湿病方面有较高的水平。其中率先在潍坊地区开展了低能量氦-氖激光辅助治疗糖尿病等手段，对各种急、慢性并发症糖尿病治疗，具有血糖控制快、症状改善明显、治疗效果好等优点。
3、耳鼻咽喉科
科室在山东省内率先开展鼻内窥镜手术治疗鼻炎、鼻窦炎、鼻息肉等操作，积累了丰富的临床经验，其中经鼻内窥镜下脑垂体瘤切除、视神经管骨折减压术达到了国内先进水平，并得到了学术界的高度评价。
4、消化内科
是集消化疾病门诊、住院及消化内镜检查于一体的临床科室，科室技术力量雄厚，拥有一支梯次配置合理的专业技术队伍，对食道、胃、肠、肝、胆、胰等消化系疾病的诊断及治疗有较强的技术优势。
5、神经内科
科室对脑出血、蛛网膜下腔出血、硬膜下血肿、脑血栓形成、脑栓塞等各种脑血管疾病有丰富的临床治疗经验，能够根据病人不同的特点，制定个体化治疗方案，疗效显著，深得病人的欢迎。