马鞍山市中医院擅长的科室有肿瘤医学中心、康复科、骨伤医学中心、肛肠科、治未病科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、肿瘤医学中心
马鞍山市中医院肿瘤医学中心是安徽省中医重点专科，科室一直秉承着“中西结合，内外兼治”的治疗理念。常规开展恶性肿瘤的化疗、内分泌治疗、靶向治疗、中西医结合治疗以及药物临床试验等。不断创新开展了多项特色技术项目，如CT引导下经皮肺穿刺活检术、甲状腺、肺、肝等肿瘤微波消融术、心包穿刺术，输液港植入术等微创手术，以及针刺疗法技术、敷熨熏浴类疗法技术、气血舒服散口服、甲消膏、了病膏外敷等中医药项目。
2、康复科
马鞍山市中医院康复科，全体医、护、医护人员均接受康复医学的专业培训，均具有丰富的临床、评估、治疗、护理经验。主要开展脑卒中、脑外伤、小儿脑瘫、各类骨折术后、脊髓损伤周围神经系统疾病、老年疾病康复等。全体医、护、治疗师秉承“全面康复”的康复理念，突出中医特色手段与优势，建立“团队服务”工作模式，倡导康复早期介入，改善身心功能障碍，重建生活技能和社会适应能力。
3、骨伤医学中心
马鞍山市中医院骨伤医学中心是安徽省中医药管理局重点专科、马鞍山市中医重点建设专科。在坚持中医骨伤特色的同时，积极吸收现代医学骨科手段，常规开展椎间孔镜、脊柱融合内固定、关节镜、髋膝关节置换、创伤骨折等手术，针对专科各项疾病形成了一套完整的中西医结合、行之有效的阶梯治疗体系。还创造性地在颈肩腰腿痛治疗中融入“祛风湿”理念，研制出消痹颗粒、膝痛康、接骨膏等临床验方。
4、肛肠科
马鞍山市中医院肛肠科现已形成集临床、教学、科研为一体的中医特色专科。多年来以其规范化管理、优良的服务态度、优质的服务质量为数万名肛肠病患者解除了病痛。为了适应医疗技术不断发展，科室采取派出去请进来，举办学术会议，邀请国内着名专家学者亲临指导等方式，博采众长，进一步提高了医疗技术水平，在全市已处于领先地位。
5、治未病科
马鞍山市中医院治未病科是安徽省治未病专科联盟理事单位。是集中医体检、中医个体化保健指导、亚健康及慢性病健康管理为一体的专业中医预防养生保健科室。作为市中医院中医特色健康管理的重要环节，科室在健康管理（体检）中心常规西医体检的基础上增添了中医特色的体检项目，以及充分体现中医“未病先防、预病救萌、病后防复”的治未病特色的健康管理服务，为重视健康状态的维护、重视疾病预防者提供全面的中医健康管理。