六安市中医院擅长的科室有肾病科、心血管内科、脑病科、肿瘤内科、肿瘤外科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、肾病科
六安市中医院肾病科是国家中医药管理局级重点专科，于六安地区率先开展腹膜透析技术，并形成了与血液透析优势互补的格局，进一步提高了六安地区肾脏病替代治疗水平。注重突出中医治疗肾脏病的特色，参与了三项国家级肾脏专病研究，其中包括原发性肾病综合征、慢性肾小球肾炎、慢性肾功能衰竭。
2、心血管内科
六安市中医院心血管内科目前已经发展成为集医、教、研为一体的心血管病专科。开展中西医结合治疗高血压病、冠心病、心力衰竭及心律失常等各种心血管疾病，以及心血管病危急重症的救治工作。有多个中药专科制剂，如参桂八味颗粒、泽蓝降浊颗粒等。
3、脑病科
六安市中医院脑病科是六安市中医院重点科室，主要着力于缺血性脑卒中的规范化治疗，已经初步形成急性期血管再通、介入干预、二级预防，早期康复参与，恢复期康复治疗为主的集临床、介入、康复为一体的脑卒中治疗体系，最大程度降低患者残障，提高生活自理能力。
4、肿瘤内科
六安市中医院肿瘤内科为安徽省卫生厅“十二五”中西医结合肿瘤重点专科。常规开展肿瘤放化疗、分子靶向治疗、肿瘤免疫治疗、肿瘤热循环灌注治疗和中医药特色治疗，从而形成了相对完备的肿瘤综合诊疗体系，尤其是肿瘤微创治疗和核医学的开展，使科室的整体诊疗水平更上台阶。而中医药在肿瘤放化疗的减毒增效、改善患者生活质量方面又有着独特的疗效，受到了广大基层百姓的欢迎。
5、肿瘤外科
六安市中医院肿瘤外科现已成为六安市肿瘤防治方面重点专科，创科以来，曾先后多次获得省市先进及重点科室等称号。科室在重视硬件投入的基础上，更注重人才的培养，不断增添新鲜血液，能开展肿瘤科常见的三，四类手术，甲状腺癌，食道癌，肺癌，纵隔肿瘤，胃肠道肿瘤等根治性手术。尤其本科内运用双重吻合器法低位直肠保肛术获得了市级科技进步奖，为广大低位直肠癌患者保留了自然的排便通道，使患者术后的生活质量得到了提高。