南宁儿童医院排名第一的是广西医科大学第一附属医院，该医院儿科是全区第一个获得博士学位授予权的学科，自治区重点学科和精品课程，广西第一个博士后科研流动站专业之一。南宁儿童医院排名靠前的还有南宁市第二人民医院、南宁市第一人民医院，南宁市第二人民医院儿科是广西自治区临床重点专科；南宁市第一人民医院儿科以小儿呼吸内科为主。
第一名：广西医科大学第一附属医院-儿科
广西医科大学第一附属医院儿科是全区第一个获得博士学位授予权的学科，自治区重点学科和精品课程，广西第一个博士后科研流动站专业之一，在临床、教学、科研方面具有丰富的经验并取得令人瞩目的成就。90年代初率先开展了肾脏穿刺活检技术，对小儿肾脏病的诊断、治疗以及预后判断有较好的指导作用，处于区内前列。开展了小儿腹膜透析、血液透析等治疗急慢性肾功能衰竭，开展传统血浆置换和双膜血浆置换治疗重症系统性红斑狼疮。
第二名：南宁市第二人民医院-儿科
南宁市第二人民医院儿科，是广西自治区临床重点专科、广西区妇幼重点建设专科（南宁市唯一获得区临床重点专科及区妇幼重点建设的单位）、国家卫计委第一批国家级规培基地，广西自治区新生儿护理临床培训基地，南宁市新生儿质量控制中心，南宁市新生儿危重抢救中心，广西新生儿专培基地。
第三名：南宁市第一人民医院-儿科
南宁市第一人民医院儿科，以小儿呼吸内科为主并全方位开展儿科各系统疾病包括常见病及疑难杂症的诊治。传承并发扬了医院老儿科的优良传统，医护功底扎实、临床经验丰富、中西医结合开拓多种治疗途径诊治儿科顽疾，疗效享誉社会。全方位开展小儿各系统疾病的诊治工作，侧重小儿呼吸道、消化道及变异性疾病、营养性疾病的诊治。病员来源涵盖广西各市县。
第四名：广西壮族自治区妇幼保健院-儿科
广西壮族自治区妇幼保健院儿科主要以高级职称医师为主，建立了一批有影响力的专科门诊，如小儿内分泌专科、哮喘专科、神经专科、新生儿专科、肾脏专科、消化专科、血液专科以及心血管专科等特色专科门诊。每年接收区内该专业的医生进修培训，力争建立区内儿科内分泌遗传代谢专科医生的培训基地。
第五名：广西医科大学第二附属医院-儿科
广西医科大学第二附属医院儿科，是集临床、教学和科研为一体的综合性学科，是广西医科大学儿科硕士、博士培养点，国家级儿科住院医师规范化培训基地，广西医疗卫生重点学科，是区内首家开展小儿航空救援转运单位。目前设置儿科门诊、急诊、普通病房、新生儿病房、重症病房，病房设置床位55张，包括新生儿、呼吸、心血管、消化、内分泌遗传代谢等亚专科。