南宁市第二人民医院擅长消化内科、心血管内科、肝胆胰外科、创伤手外科、放射科。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、消化内科
是集医疗、教学、科研为一体的综合性消化病专科，是国家消化道早癌防治中心联盟成员单位、全区消化内科联盟成员单位。擅长急慢性胃炎、消化道出血、消化性溃疡、慢性病毒性肝炎、酒精性肝病、脂肪肝、梗阻性黄疸等的诊治。
2、心血管内科
是医院重点专科，是该院心血管疾病诊治中心、医院胸痛中心的核心科室。擅长治疗各种心血管内科疾病如高血压病、冠心病、高脂血症、心肌炎等，以及掌握各种心血管急危重症疾病的抢救。
3、肝胆胰外科
技术力量雄厚，拥有高清腹腔镜、超声刀、激光碎石器、心电监护仪等先进专业设备和抢救仪器，在肝癌、胰腺癌、胆管癌、重症胆管炎、肝硬化门脉高压症等疑难危重疾病的诊治方面积累了丰富的经验。
4、创伤手外科
是医院重点科室，是南宁市骨科研究所，是广西创伤外科重点专科的牵头科室，是南宁市重点学科。擅长各种先天性畸形以及运用骨搬运技术治疗骨缺损、骨不连、骨髓炎、肢体不等长等，临床经验丰富。
5、放射科
是广西壮族自治区临床重点专科、南宁市医学重点学科，是拥有大规模先进设备、技术水平先进、配套设施和人员齐全的放射影像诊断中心。全方位开展三级甲等医院的影像学检查项目，能为患者提供安全、规范、高效、优质的影像学诊疗服务。