伊犁有新疆生产建设兵团第四师医院、伊犁哈萨克自治州友谊医院、伊犁哈萨克自治州妇幼保健院等多个三甲医院。新疆生产建设兵团第四师医院开展的各种微创治疗术走在了本地区前列；伊犁哈萨克自治州友谊医院先后引进了一大批当今高精尖医疗设备以及百余项新技术；伊犁哈萨克自治州妇幼保健院为伊犁州产前、新生儿疾病、宫颈癌、乳腺癌四大筛查中心。
第一名：新疆生产建设兵团第四师医院
新疆生产建设兵团第四师医院为一所学科齐全、设备完善、技术力量雄厚的现代化“三级甲等医院”。医院骨科开展的各种关节置换及关节镜下的各种微创治疗术在地区走在了前列。医院曾荣获全国“三八红旗集体”；连续四届获兵团“精神文明建设先进单位”。
第二名：伊犁哈萨克自治州友谊医院
伊犁哈萨克自治州友谊医院是集医疗、科研、教学和预防保健为一体的地、州级医院。现为国家三级甲等医院和爱婴医院、自治区十佳医院和自治区级文明单位。医院以开展医疗新技术为先导，先后引进了一大批当今高精尖医疗设备以及百余项新技术，为患者提供优质的诊疗服务。
第三名：伊犁哈萨克自治州妇幼保健院
伊犁哈萨克自治州妇幼保健院是一所三级甲等医院，为伊犁州产前、新生儿疾病、宫颈癌、乳腺癌四大筛查中心。先后荣获国家级爱婴医院、全国巾帼文明示范岗、全国卫生系统百家卫生文化建设先进单位等荣誉称号。
第四名：伊犁哈萨克自治州中医医院
伊犁哈萨克自治州中医医院是一所集医疗、教学、科研、预防保健、康复为一体的三级甲等中医医院。设有眼科、肾病科、哈医骨伤科及肛肠科等重点临床专科，以及显微外科、针灸推拿科等特色专科，为患者提供精准的诊疗服务。
第五名：伊犁哈萨克自治州奎屯医院
伊犁哈萨克自治州奎屯医院是一所集医疗、科研、教学、预防保健、精神卫生、急救为一体的国家三级甲等综合医院。现有心血管内科、消化内科、儿科、骨科等4个自治区临床重点专科建设项目，配备有先进的设备，以一流的环境、一流的服务、一流的技术为各族人民群众服务。
第六名：伊犁哈萨克自治州新华医院
伊犁哈萨克自治州新华医院，是一所集医疗、教学、科研、预防、康复于一体的国家级三级综合医院，爱婴医院、北疆唯一一家“微笑列车”唇腭裂修复慈善项目定点医院，自治区包虫病外科手术定点医院，自治区人民医院“医疗集团联合体”合作单位，同时挂牌“伊犁州直艾滋病抗病毒定点医院”、“伊犁州职业病医院”、“伊犁州耐多药结核治疗定点医院”。